Mexican Biobank advances population and medical genomics of diverse ancestries.

Autor: Sohail M; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico. mashaal@ccg.unam.mx.; Department of Human Genetics, University of Chicago, Chicago, IL, USA. mashaal@ccg.unam.mx.; Centro de Ciencias Genómicas (CCG), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Cuernavaca, Mexico. mashaal@ccg.unam.mx., Palma-Martínez MJ; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico., Chong AY; The Wellcome Centre for Human Genetics, University of Oxford, Oxford, UK., Quinto-Cortés CD; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico., Barberena-Jonas C; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico., Medina-Muñoz SG; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico., Ragsdale A; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico.; Department of Integrative Biology, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, USA., Delgado-Sánchez G; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico., Cruz-Hervert LP; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico.; División de Estudios de Posgrado e Investigación, Facultad de Odontología, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Mexico City, Mexico., Ferreyra-Reyes L; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico., Ferreira-Guerrero E; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico., Mongua-Rodríguez N; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico., Canizales-Quintero S; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico., Jimenez-Kaufmann A; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico., Moreno-Macías H; Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica, Instituto de Investigaciones Biomédicas UNAM/Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, Mexico City, Mexico.; Universidad Autónoma Metropolitana, Mexico City, Mexico., Aguilar-Salinas CA; Division de Nutrición, Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, Mexico City, Mexico., Auckland K; The Wellcome Centre for Human Genetics, University of Oxford, Oxford, UK., Cortés A; Big Data Institute, Li Ka Shing Centre for Health Information and Discovery, University of Oxford, Oxford, UK., Acuña-Alonzo V; Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH), Mexico City, Mexico., Gignoux CR; Colorado Center for Personalized Medicine, University of Colorado Anschutz Medical Campus, Aurora, CO, USA., Wojcik GL; Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, MD, USA., Ioannidis AG; Department of Biomedical Data Science, Stanford University, Stanford, CA, USA., Fernández-Valverde SL; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico.; School of Biotechnology and Biomolecular Sciences and the RNA Institute, The University of New South Wales, Sydney, New South Wales, Australia., Hill AVS; The Wellcome Centre for Human Genetics, University of Oxford, Oxford, UK.; The Jenner Institute, University of Oxford, Oxford, UK., Tusié-Luna MT; Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica, Instituto de Investigaciones Biomédicas UNAM/Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, Mexico City, Mexico., Mentzer AJ; The Wellcome Centre for Human Genetics, University of Oxford, Oxford, UK. alexander.mentzer@ndm.ox.ac.uk.; Big Data Institute, Li Ka Shing Centre for Health Information and Discovery, University of Oxford, Oxford, UK. alexander.mentzer@ndm.ox.ac.uk., Novembre J; Department of Human Genetics, University of Chicago, Chicago, IL, USA.; Department of Ecology and Evolution, University of Chicago, Chicago, IL, USA., García-García L; Instituto Nacional de Salud Pública (INSP), Cuernavaca, Mexico. garcigar@insp.mx., Moreno-Estrada A; Unidad de Genómica Avanzada (UGA-LANGEBIO), Centro de Investigación y Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav), Irapuato, Mexico. andres.moreno@cinvestav.mx.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Nature [Nature] 2023 Oct; Vol. 622 (7984), pp. 775-783. Date of Electronic Publication: 2023 Oct 11.
DOI: 10.1038/s41586-023-06560-0
Abstrakt: Latin America continues to be severely underrepresented in genomics research, and fine-scale genetic histories and complex trait architectures remain hidden owing to insufficient data 1 . To fill this gap, the Mexican Biobank project genotyped 6,057 individuals from 898 rural and urban localities across all 32 states in Mexico at a resolution of 1.8 million genome-wide markers with linked complex trait and disease information creating a valuable nationwide genotype-phenotype database. Here, using ancestry deconvolution and inference of identity-by-descent segments, we inferred ancestral population sizes across Mesoamerican regions over time, unravelling Indigenous, colonial and postcolonial demographic dynamics 2-6 . We observed variation in runs of homozygosity among genomic regions with different ancestries reflecting distinct demographic histories and, in turn, different distributions of rare deleterious variants. We conducted genome-wide association studies (GWAS) for 22 complex traits and found that several traits are better predicted using the Mexican Biobank GWAS compared to the UK Biobank GWAS 7,8 . We identified genetic and environmental factors associating with trait variation, such as the length of the genome in runs of homozygosity as a predictor for body mass index, triglycerides, glucose and height. This study provides insights into the genetic histories of individuals in Mexico and dissects their complex trait architectures, both crucial for making precision and preventive medicine initiatives accessible worldwide.
(© 2023. The Author(s).)
Databáze: MEDLINE
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