Molecular characterization of juvenile fish from the Amazon estuary using DNA barcoding approach.

Autor: Lutz Í; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Martins T; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Araújo F; Coordenação de Zoologia, Museu Paraense Emílio Goeldi, Belém, Pará, Brazil., Ferreira C; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Santana P; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Miranda J; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Matos S; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Sousa J; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Pereira L; Núcleo de Ecologia Aquática e Pesca da Amazônia, Universidade Federal do Pará, Belém, Pará, Brazil., Bentes B; Núcleo de Ecologia Aquática e Pesca da Amazônia, Universidade Federal do Pará, Belém, Pará, Brazil., da Silva R; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Veneza I; Universidade Federal do Oeste do Pará, Monte Alegre, Pará, Brazil., Sampaio I; Laboratório de Evolução, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Vallinoto M; Laboratório de Evolução, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil., Gomes GE; Laboratório de Genética Aplicada, Instituto de Estudos Costeiros, Universidade Federal do Pará, Bragança, Pará, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: PloS one [PLoS One] 2023 Sep 28; Vol. 18 (9), pp. e0292232. Date of Electronic Publication: 2023 Sep 28 (Print Publication: 2023).
DOI: 10.1371/journal.pone.0292232
Abstrakt: The efficiency of the DNA barcoding relies on sequencing fragment of the Cytochrome C Subunit I (COI) gene, which has been claimed as a tool to biodiversity identification from distinct groups. Accordingly, the goal of this study was to identify juvenile fish species along an estuary of Caeté River in the Brazilian Blue Amazon based on. For this purpose, we applied the DNA barcoding and discuss this approach as a tool for discrimination of species in early ontogenetic stages. A 500-bp fragment was obtained from 74 individuals, belonging to 23 species, 20 genera, 13 families and seven orders. About 70% of the 46 haplotypes revealed congruence between morphological and molecular species identification, while 8% of them failed in identification of taxa and 22% demonstrated morphological misidentification. These results proved that COI fragments were effective to diagnose fish species at early life stages, allowing identifying all samples to a species-specific status, except for some taxa whose COI sequences remain unavailable in public databases. Therefore, we recommend the incorporation of DNA barcoding to provide additional support to traditional identification, especially in morphologically controversial groups. In addition, periodic updates and comparative analyses in public COI datasets are encouraged.
Competing Interests: The authors have declared that no competing interests exist.
(Copyright: © 2023 Lutz et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.)
Databáze: MEDLINE
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