Genomic epidemiology unveils the dynamics and spatial corridor behind the Yellow Fever virus outbreak in Southern Brazil.

Autor: Giovanetti M; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Department of Science and Technology for Humans and the Environment, Università of Campus Bio-Medico di Roma, Italy., Pinotti F; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, OX3 7BN, UK., Zanluca C; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Fonseca V; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Nakase T; Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, Oxford, OX3 7BN, UK., Koishi AC; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Tscha M; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Soares G; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Dorl GG; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Marques AEML; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Sousa R; Laboratório de Patologia Veterinária, Hospital Veterinário UFPR, PR Brazil., Adelino TER; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Xavier J; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., de Oliveira C; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Patroca S; Evandro Chagas Institute, Para, Brazil., Guimaraes NR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Fritsch H; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Mares-Guia MA; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Levy F; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Passos PH; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., da Silva VL; Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil., Pereira LA; Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil., Mendonça AF; Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil., de Macêdo IL; Veterinary Pathology Laboratory, Campus Darcy Ribeiro, University of Brasília, Brasília, DF 70636- 200, Brazil., Ribeiro de Sousa DE; Veterinary Pathology Laboratory, Campus Darcy Ribeiro, University of Brasília, Brasília, DF 70636- 200, Brazil., Rodrigues de Toledo Costa G; Environmental Health Surveillance, Directorate of the Federal District (DIVAL), DF 70790-060, Brazil., Botelho de Castro M; Veterinary Pathology Laboratory, Campus Darcy Ribeiro, University of Brasília, Brasília, DF 70636- 200, Brazil.; Graduate Program in Animal Sciences, College of Agronomy and Veterinary Medicine, University of Brasília, Brasília, DF 70910-900, Brazil., de Souza Andrade M; Baculovirus Laboratory, Department of Cell Biology, Institute of Biological Sciences, University of Brasilia, Brasília 70910-900, DF, Brazil., de Abreu FVS; Insect Behavior Laboratory, Federal Institute of Northern Minas Gerais, Salinas 39560-000, MG, Brazil., Campos FS; Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90035-003, RS, Brazil., Iani FCM; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Pereira MA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Cavalcante KRLJ; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Freitas ARR; Faculdade de Medicina São Leopoldo Mandic, Campinas, SP, Brazil., Campelo de Albuquerque CF; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Macário EM; Superintendência de Vigilância em Saúde - SES - Santa Catarina, South Brazil., Dos Anjos MPD; Laboratorio central de Saude Publica de Santa Catarina, Superintendência de Vigilância em Saúde - SES - Santa Catarina, South Brazil., Ramos RC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Sul, Superintendência de Vigilância em Saúde - SES - Santa Catarina, South Brazil., Campos AAS; Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil., Pinter A; Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, São Paulo, 05508-000, Brazil., Chame M; Oswaldo Cruz Foundation, Biodiversity, Wildlife Health Institutional Platform (PIBSS/Fiocruz), Rio de Janeiro, Brazil., Abdalla L; Oswaldo Cruz Foundation, Biodiversity, Wildlife Health Institutional Platform (PIBSS/Fiocruz), Rio de Janeiro, Brazil., Riediger IN; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Ribeiro SP; Laboratory of Ecology of Diseases & Forests, NUPEB/ICEB, Federal University of Ouro Preto, Minas Gerais, Brazil., Bento AI; Pandemic Prevention Initiative, The Rockefeller Foundation, Washington DC, USA., de Oliveira T; School for Data Science and Computational Thinking, Faculty of Science and Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, South Africa., Freitas C; Secretaria de Vigilância em Saúde, SVS, Brazilian Ministry of Health, Brasilia, Federal District, Brazil., Oliveira de Moura NF; Oswaldo Cruz Foundation, Fiocruz, Brasilia, Federal District, Brazil., Fabri A; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Dos Santos Rodrigues CD; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Dos Santos CC; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Barreto de Almeida MA; Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil., Dos Santos E; Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil., Cardoso J; Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil., Augusto DA; Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre - Centro de Informação em Saúde Silvestre (CISS) - Fiocruz/RJ, Avenida Brasil, 4365. Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ Cep: 21.040-360., Krempser E; Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre - Centro de Informação em Saúde Silvestre (CISS) - Fiocruz/RJ, Avenida Brasil, 4365. Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ Cep: 21.040-360., Mucci LF; Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado), Av Dr. Enéas Carvalho de Aguiar, 188 - Cerqueira César, São Paulo - SP, 05403-000, Brazil.; Coordenadoria de Controle de Doenças (CCD), Av. Dr. Enéas Carvalho de Aguiar, 188 - Cerqueira César, São Paulo - SP, 05403-000, Brazil.; Instituto Pasteur (IP), Av. Paulista, 363 Cerqueira Cesar - São Paulo- SP - CEP:01311-000., Gatti RR; Secretaria de Estado da Saude de Santa Catarina, R. Esteves Júnior, 160 - Centro, Florianópolis - SC, 88015-130, Brazil., Cardoso SF; Secretaria de Estado da Saude de Santa Catarina, R. Esteves Júnior, 160 - Centro, Florianópolis - SC, 88015-130, Brazil.; Department of Cell Biology, Embryology and Genetics, Federal University of Santa Catarina (UFSC), Florianópolis, Brazil., Fuck JAB; Diretoria de Vigilância Epidemiológica da Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina, R. Esteves Júnior, 160 - Centro, Florianópolis - SC, 88015-130, Brazil., Lopes MGD; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Belmonte IL; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Mayoral Pedroso da Silva G; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Soares MRF; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., de Castilhos MMS; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., de Souza E Silva JC; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Bisetto Junior A; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Pouzato EG; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Tanabe LS; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Arita DA; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Matsuo R; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Dos Santos Raymundo J; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Silva PCL; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Santana Araújo Ferreira Silva A; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Samila S; Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140., Carvalho G; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Stabeli R; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Navegantes W; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Moreira LA; Mosquitos Vetores: Endossimbiontes e Interação Patógeno-Vetor, Instituto René Rachou-Fiocruz, Belo Horizonte 30190-002, MG, Brazil., Ferreira AGA; Mosquitos Vetores: Endossimbiontes e Interação Patógeno-Vetor, Instituto René Rachou-Fiocruz, Belo Horizonte 30190-002, MG, Brazil., Pinheiro GG; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Nunes BTD; Evandro Chagas Institute, Para, Brazil., de Almeida Medeiros DB; Evandro Chagas Institute, Para, Brazil., Cruz ACR; Evandro Chagas Institute, Para, Brazil., Venâncio da Cunha R; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Van Voorhis W; Center for Emerging and Re-emerging Infectious Diseases (CERID), University of Washington, Seattle, WA, USA., Bispo de Filippis AM; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Almiron M; Pan American Health Organization/World Health Organization, Washington, DC, USA., Holmes EC; Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, NSW, Australia., Ramos DG; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., Romano A; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., Lourenço J; BioISI (Biosystems and Integrative Sciences Institute), Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa Portugal., Alcantara LCJ; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Duarte Dos Santos CN; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Science advances [Sci Adv] 2023 Sep; Vol. 9 (35), pp. eadg9204. Date of Electronic Publication: 2023 Sep 01.
DOI: 10.1126/sciadv.adg9204
Abstrakt: Despite the considerable morbidity and mortality of yellow fever virus (YFV) infections in Brazil, our understanding of disease outbreaks is hampered by limited viral genomic data. Here, through a combination of phylogenetic and epidemiological models, we reconstructed the recent transmission history of YFV within different epidemic seasons in Brazil. A suitability index based on the highly domesticated Aedes aegypti was able to capture the seasonality of reported human infections. Spatial modeling revealed spatial hotspots with both past reporting and low vaccination coverage, which coincided with many of the largest urban centers in the Southeast. Phylodynamic analysis unraveled the circulation of three distinct lineages and provided proof of the directionality of a known spatial corridor that connects the endemic North with the extra-Amazonian basin. This study illustrates that genomics linked with eco-epidemiology can provide new insights into the landscape of YFV transmission, augmenting traditional approaches to infectious disease surveillance and control.
Databáze: MEDLINE