Increased interregional virus exchange and nucleotide diversity outline the expansion of chikungunya virus in Brazil.

Autor: Xavier J; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Alcantara LCJ; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br.; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br., Fonseca V; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil., Lima M; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil., Castro E; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil., Fritsch H; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Oliveira C; Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Guimarães N; Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil., Adelino T; Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil., Evaristo M; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., Rodrigues ES; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., Santos EV; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., de La-Roque D; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., de Moraes L; Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Brazil., Tosta S; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil.; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Neto A; Laboratório Central de Saúde Pública do Piaui, Piauí, Brazil., Rosewell A; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil., Mendonça AF; Laboratório Central de Saúde Pública de Goias, Goiânia, Brazil., Leite A; Laboratório Central de Saúde Pública de Alagoas, Maceió, Brazil., Vasconcelos A; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., Silva de Mello AL; Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil., Vasconcelos B; Laboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Montalbano CA; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil., Zanluca C; Instituto Carlos Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Curitiba, Brazil., Freitas C; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., de Albuquerque CFC; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil., Duarte Dos Santos CN; Instituto Carlos Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Curitiba, Brazil., Santos CS; Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Brazil., Dos Santos CA; Laboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil., Gonçalves CCM; Secretaria de Saúde do Estado do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil., Teixeira D; Laboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Neto DFL; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Cabral D; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., de Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., Noia Maciel EL; Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Pereira FM; Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil., Iani F; Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil., de Carvalho FP; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., Andrade G; Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil., Bezerra G; Laboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil., de Castro Lichs GG; Laboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil., Pereira GC; Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil., Barroso H; Laboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Franz HCF; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Ferreira H; Laboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, São Luís, Brazil., Gomes I; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil., Riediger IN; Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Paraná, Brazil., Rodrigues I; Laboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil., de Siqueira IC; Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, Brazil., Silva J; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., Rico JM; Pan American Health Organization, Washington, USA., Lima J; Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil., Abrantes J; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil., do Nascimento JPM; Laboratório Central de Saúde Pública de Alagoas, Maceió, Brazil., Wasserheit JN; Department of Global Health and Medicine, University of Washington, Washington, USA., Pastor J; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., de Magalhães JJF; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil.; Universidade de Pernambuco, Serra Talhada, Brazil., Luz KG; Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil., Lima Neto LG; Laboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, São Luís, Brazil., Frutuoso LCV; Coordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., da Silva LB; Laboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., Sena L; Laboratório Central de Saúde Pública de Sergipe, Aracaju, Brazil., de Sousa LAF; Laboratório Central de Saúde Pública do Maranhão, São Luís, Brazil., Pereira LA; Laboratório Central de Saúde Pública de Goias, Goiânia, Brazil., Demarchi L; Laboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil., Câmara MCB; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil., Astete MG; Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil., Almiron M; Pan American Health Organization, Washington, USA., Lima M; Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, Brazil., Umaki Zardin MCS; Laboratório Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil., Presibella MM; Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Paraná, Brazil., Falcão MB; Secretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Brazil., Gale M Jr; Department of Immunology, University of Washington, Washington, USA., Freire N; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., Marques N; Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná, Paraná, Brazil., de Moura NFO; Coordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Almeida Da Silva PE; Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Rabinowitz P; Department of Environmental and Occupational Health Sciences, University of Washington, Washington, USA., da Cunha RV; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Rio de Janeiro, Brazil., Trinta KS; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Rio de Janeiro, Brazil., do Carmo Said RF; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil., Kato R; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Stabeli R; Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília, Brazil., de Jesus R; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, Brazil., Hans Santos R; Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco, Natal, Brazil., Kashima S; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil., Slavov SN; Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, Brazil.; Center for Research Development, CDC, Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Andrade T; Laboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Rocha T; Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil., Carneiro T; Laboratório Central de Saúde Pública da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Nardy V; Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia, Salvador, Brazil., da Silva V; Laboratório Central de Saúde Pública de Goias, Goiânia, Brazil., Carvalho WG; Laboratório Central de Saúde Pública do Piaui, Piauí, Brazil., Van Voorhis WC; Department of Medicine, University of Washington, Washington, USA., Araujo WN; Pan American Health Organization, Washington, USA., de Filippis AMB; Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil. ana.bispo@ioc.fiocruz.br., Giovanetti M; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Brazil. giovanetti.marta@gmail.com.; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil. giovanetti.marta@gmail.com.; Sciences and Technologies for Sustainable Development and One Health, University of Campus Bio-Medico, Rome, Italy. giovanetti.marta@gmail.com.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Nature communications [Nat Commun] 2023 Jul 21; Vol. 14 (1), pp. 4413. Date of Electronic Publication: 2023 Jul 21.
DOI: 10.1038/s41467-023-40099-y
Abstrakt: The emergence and reemergence of mosquito-borne diseases in Brazil such as yellow fever, zika, chikungunya, and dengue have had serious impacts on public health. Concerns have been raised due to the rapid dissemination of the chikungunya virus across the country since its first detection in 2014 in Northeast Brazil. In this work, we carried out on-site training activities in genomic surveillance in partnership with the National Network of Public Health Laboratories that have led to the generation of 422 chikungunya virus genomes from 12 Brazilian states over the past two years (2021-2022), a period that has seen more than 312 thousand chikungunya fever cases reported in the country. These genomes increased the amount of available data and allowed a more comprehensive characterization of the dispersal dynamics of the chikungunya virus East-Central-South-African lineage in Brazil. Tree branching patterns revealed the emergence and expansion of two distinct subclades. Phylogeographic analysis indicated that the northeast region has been the leading hub of virus spread towards other regions. Increased frequency of C > T transitions among the new genomes suggested that host restriction factors from the immune system such as ADAR and AID/APOBEC deaminases might be driving the genetic diversity of the chikungunya virus in Brazil.
(© 2023. The Author(s).)
Databáze: MEDLINE
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