Complete assembly, annotation of virulence genes and CRISPR editing of the genome of Leishmania amazonensis PH8 strain.

Autor: Goes WM; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Brasil CRF; Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Reis-Cunha JL; Departamento de Veterinária Preventiva, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil; Departamento de Parasitologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Coqueiro-Dos-Santos A; Departamento de Parasitologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Grazielle-Silva V; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., de Souza Reis J; Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Souto TC; Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Laranjeira-Silva MF; Departamento de Fisiologia, Universidade de São Paulo, Rua do Matão 101, Cidade Universitária, São Paulo, SP CEP 05508-900, Brazil., Bartholomeu DC; Departamento de Parasitologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil., Fernandes AP; Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Belo Horizonte, MG, CEP 31.210-360, Brazil., Teixeira SMR; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG CEP 31.270-901, Brazil; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Rua Professor José Vieira de Mendonça 770, Belo Horizonte, MG, CEP 31.210-360, Brazil. Electronic address: santuzat@ufmg.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Genomics [Genomics] 2023 Sep; Vol. 115 (5), pp. 110661. Date of Electronic Publication: 2023 May 30.
DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110661
Abstrakt: We report the sequencing and assembly of the PH8 strain of Leishmania amazonensis one of the etiological agents of leishmaniasis. After combining data from long Pacbio reads, short Illumina reads and synteny with the Leishmania mexicana genome, the sequence of 34 chromosomes with 8317 annotated genes was generated. Multigene families encoding three virulence factors, A2, amastins and the GP63 metalloproteases, were identified and compared to their annotation in other Leishmania species. As they have been recently recognized as virulence factors essential for disease establishment and progression of the infection, we also identified 14 genes encoding proteins involved in parasite iron and heme metabolism and compared to genes from other Trypanosomatids. To follow these studies with a genetic approach to address the role of virulence factors, we tested two CRISPR-Cas9 protocols to generate L. amazonensis knockout cell lines, using the Miltefosine transporter gene as a proof of concept.
Competing Interests: Declaration of Competing Interest The authors declare that there are no conflicts of interest.
(Copyright © 2023 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.)
Databáze: MEDLINE
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