Potential use of high-resolution melting analyses for SARS-CoV-2 genomic surveillance.

Autor: de Souza Andrade A; Serviço de Pesquisa em Doenças Infecciosas, Divisão de Ciência e Inovação, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., Freitas EF; Serviço de Pesquisa em Doenças Infecciosas, Divisão de Ciência e Inovação, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., de Castro Barbosa E; Serviço de Pesquisa em Doenças Infecciosas, Divisão de Ciência e Inovação, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil; Serviço de Virologia e Riquetsioses, Divisão de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., Guimarães NR; Serviço de Virologia e Riquetsioses, Divisão de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., de Melo Iani FC; Serviço de Virologia e Riquetsioses, Divisão de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., da Costa AVB; Serviço de Virologia e Riquetsioses, Divisão de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., Bernardes AFL; Serviço de Virologia e Riquetsioses, Divisão de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., Adelino TER; Serviço de Virologia e Riquetsioses, Divisão de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., Ataide ACZ; Serviço de Pesquisa em Doenças Infecciosas, Divisão de Ciência e Inovação, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil., Gregianini TS; Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul (LACEN/CEVS/SES-RS), Porto Alegre, RS, Brazil., Nunes JD; Laboratório Central Noel Nutels. Laboratório Central do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, Brazil., Stringari LL; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo, Secretaria de Estado de Saúde do Espírito Santo, Vitória, ES, Brazil; Núcleo de Doenças Infecciosas, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória, ES, Brazil., Riediger IN; Divisão dos Laboratórios de Epidemiologia e Controle de Doenças, Laboratório Central do Estado do Paraná, São José dos Pinhais, PR, Brazil., Fernandes SB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina, Florianópolis, SC, Brazil., de Jesus R; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil; Coordenação-Geral de Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília, DF, Brazil., Fonseca V; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, DF, Brazil., Caldas S; Serviço de Pesquisa em Doenças Infecciosas, Divisão de Ciência e Inovação, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, MG, Brazil. Electronic address: sergio.caldas@funed.mg.gov.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Journal of virological methods [J Virol Methods] 2023 Jul; Vol. 317, pp. 114742. Date of Electronic Publication: 2023 Apr 26.
DOI: 10.1016/j.jviromet.2023.114742
Abstrakt: The pandemic caused by COVID-19 and the emergence of new variants of SARS-CoV-2 have generated clinical and epidemiological impacts on a global scale. The use of strategies for monitoring viral circulation and identifying mutations in genomic regions involved in host interaction are important measures to mitigate viral dissemination and reduce its likely complications on population health. In this context, the objective of this work was to explore the potential of high-resolution melting (HRM) analysis combined with one-step real-time reverse transcription PCR in a closed-tube system, as a fast and convenient method of screening for SARS-CoV-2 mutations with possible implications on host-pathogen interactions. The HRM analyses allowed the distinction of the Gamma, Zeta, Alpha, Delta, and Omicron variants against the predecessors (B.1.1.28, B.1.1.33) of occurrence in Brazil. It is concluded that the molecular tool standardized here has the potential to optimize the genomic surveillance of SARS-CoV-2, and could be adapted for genomic surveillance of other pathogens, due to its ability to detect, prior to sequencing, samples suggestive of new variants, selecting them more assertively and earlier for whole genome sequencing when compared to random screening.
Competing Interests: Declaration of Competing Interest The authors declare that they have no known competing financial interests or personal relationships that could have appeared to influence the work reported in this paper.
(Copyright © 2023. Published by Elsevier B.V.)
Databáze: MEDLINE
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