Evidence of natural selection and dominance of SARS-CoV-2 variant Lambda (C.37) over variants of concern in Cusco, Peru.

Autor: Quispe-Ricalde MA; Departamento de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco, Av. de La Cultura 733, C.P. 0800, Cusco, Perú. antonieta.quispe@unsaac.edu.pe., Castelán-Sánchez HG; Programa de Investigadoras e Investigadores por México. Grupo de Genómica y Dinámica Evolutiva de Microorganismos Emergentes, Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Av. Insurgentes Sur 1582, Crédito Constructo, Benito Juárez, Ciudad de México, C.P. 03940, México. hugo.castelan@conacyt.mx., Meza-Rodríguez PM; Centro de Investigación en Dinámica Celular, Instituto de Investigaciones en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Morelos. Av. Universidad 1001. Col. Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, C.P. 62209, México., Dávila-Ramos S; Centro de Investigación en Dinámica Celular, Instituto de Investigaciones en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Morelos. Av. Universidad 1001. Col. Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, C.P. 62209, México., Sierra JL; Escuela de Postgrado, Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco, Av. de La Cultura 733, Cusco, C.P. 0800, Perú., Batista-Garcia R; Centro de Investigación en Dinámica Celular, Instituto de Investigaciones en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Morelos. Av. Universidad 1001. Col. Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, C.P. 62209, México., Concha-Velasco F; Laboratorio Regional de Referencia, Gerencia Regional de Salud Cusco, Av. de La Cultura 147, Cusco, C.P. 08003, Perú.; Dirección de epidemiología e investigación. Gerencia regional de salud, Av. de La Cultura 147, Cusco, C.P. 08003, Perú., Lucana SF; Laboratorio Regional de Referencia, Gerencia Regional de Salud Cusco, Av. de La Cultura 147, Cusco, C.P. 08003, Perú., De Santa Cruz J; Laboratorio Regional de Referencia, Gerencia Regional de Salud Cusco, Av. de La Cultura 147, Cusco, C.P. 08003, Perú., Zea V; Laboratorio Regional de Referencia, Gerencia Regional de Salud Cusco, Av. de La Cultura 147, Cusco, C.P. 08003, Perú., Galarza M; Laboratorio de Referencia Nacional de Biotecnología y Biología Molecular, Instituto Nacional de Salud, Lima, Perú., Caceres-Rey O; Laboratorio de Referencia Nacional de Biotecnología y Biología Molecular, Instituto Nacional de Salud, Lima, Perú., Tsukayama P; Laboratorio de Genómica Microbiana, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Av. Honorio Delgado 430, San Martín de Porres 15102, Lima, C.P. 15102, Perú.; Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt, Av. Honorio Delgado 430, San Martín de Porres, Lima, Peru.; Wellcome Sanger Institute, Saffron Walden, Cambridge, Reino Unido. Z.P. CB10 1SA, Hinxton, UK., Foronda P; University Institute of Tropical Diseases and Public Health of the Canary Islands, Av. Astrofísico FranciscoSánchez, s/n, San Cristóbal de La Laguna, Tenerife, C.P.38200, Spain., Soto-Chambi BJ; Departamento de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco, Av. de La Cultura 733, C.P. 0800, Cusco, Perú., Abreu N; University Institute of Tropical Diseases and Public Health of the Canary Islands, Av. Astrofísico FranciscoSánchez, s/n, San Cristóbal de La Laguna, Tenerife, C.P.38200, Spain. nabreu@ull.edu.es.; NERTALAB, SL., C, /José Rodríguez Mouré, 4, Santa Cruz de Tenerife, Tenerife, C.P. 38008, España. nabreu@ull.edu.es.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Archives of virology [Arch Virol] 2023 Feb 14; Vol. 168 (3), pp. 88. Date of Electronic Publication: 2023 Feb 14.
DOI: 10.1007/s00705-022-05645-x
Abstrakt: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage C.37 (Lambda) has spread rapidly in Peru and other Latin American countries. However, most studies in Peru have focused on Lima, the capital city, without knowing the dynamics of the spread of the variant in other departments. Cusco, Peru, is one of the most popular departments in the country for tourists, so the introduction of new variants of SARS-CoV-2 might occur despite closure of the borders. Therefore, in this work, we analyzed the variants circulating in Cusco. The aim of this work was to better understand the distribution of SARS-CoV-2 lineages circulating in Cusco and to characterize the genomes of these strains. To this end, 46 SARS-CoV-2 genomes from vaccinated and unvaccinated patients were sequenced in the first half of 2021. The genomes were analyzed using phylogenetic and natural selection methods. Phylogenetic trees from Cusco showed dominance of the Lambda lineage over the variants of concern (VOCs), and there was no clustering of variants by district. Natural selection analysis revealed mutations, mainly in the spike protein, at positions 75, 246, 247, 707, 769, and 1020. In addition, we found that unvaccinated patients accumulated more new mutations than did vaccinated patients, and these included the F101Y mutation in ORF7a, E419A in NSP3, a deletion in S (21,618-22,501), and a deletion in ORF3a (25,437-26,122).
(© 2023. The Author(s).)
Databáze: MEDLINE
Externí odkaz: