Single-cell spatial explorer: easy exploration of spatial and multimodal transcriptomics.

Autor: Pont F; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France. frederic.pont@inserm.fr.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France. frederic.pont@inserm.fr.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France. frederic.pont@inserm.fr., Cerapio JP; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Gravelle P; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Ligat L; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Valle C; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Sarot E; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Perrier M; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Lopez F; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Laurent C; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Fournié JJ; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France., Tosolini M; CRCT, Université de Toulouse, Inserm, CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse, Toulouse, France. marie.tosolini@inserm.fr.; IUCT-Oncopole, Toulouse, France. marie.tosolini@inserm.fr.; Laboratoire d'Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN, Toulouse, France. marie.tosolini@inserm.fr.
Jazyk: angličtina
Zdroj: BMC bioinformatics [BMC Bioinformatics] 2023 Jan 27; Vol. 24 (1), pp. 30. Date of Electronic Publication: 2023 Jan 27.
DOI: 10.1186/s12859-023-05150-1
Abstrakt: Background: The development of single-cell technologies yields large datasets of information as diverse and multimodal as transcriptomes, immunophenotypes, and spatial position from tissue sections in the so-called 'spatial transcriptomics'. Currently however, user-friendly, powerful, and free algorithmic tools for straightforward analysis of spatial transcriptomic datasets are scarce.
Results: Here, we introduce Single-Cell Spatial Explorer, an open-source software for multimodal exploration of spatial transcriptomics, examplified with 9 human and murine tissues datasets from 4 different technologies.
Conclusions: Single-Cell Spatial Explorer is a very powerful, versatile, and interoperable tool for spatial transcriptomics analysis.
(© 2023. The Author(s).)
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