Clinical and epidemiological aspects of Delta and Gamma SARS-CoV-2 variant of concern from the western Brazilian Amazon.

Autor:	Sgorlon G; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil., Queiroz JADS; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil., Roca TP; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Hepatites Virais, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Silva AMPD; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil., Gasparelo NWF; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil., Teixeira KS; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil., Oliveira ASDN; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia, Porto Velho, RO, Brasil., Mendonça ALFM; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia, Porto Velho, RO, Brasil., Maia ACS; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia, Porto Velho, RO, Brasil., Pereira SDS; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil., Batista FS; Agência Estadual de Vigilância em Saúde de Rondônia, Coordenação Estadual da Covid-19, Porto Velho, RO, Brasil., Salcedo JMV; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil., Rampazzo RCP; Instituto de Biologia Molecular do Paraná, Curitiba, PR, Brasil., Resende PC; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Siqueira MM; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Naveca FG; Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Leônidas e Maria Deane, Laboratório de Virologia, Manaus, AM, Brasil., Vieira D; Fundação Oswaldo Cruz, Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil.; Universidade Federal de Rondônia, Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental, Porto Velho, RO, Brasil.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Memorias do Instituto Oswaldo Cruz [Mem Inst Oswaldo Cruz] 2023 Jan 20; Vol. 117, pp. e220155. Date of Electronic Publication: 2023 Jan 20 (Print Publication: 2023).
DOI:	10.1590/0074-02760220155
Abstrakt:	Background: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants has become a major concern contributing to increased morbidity and mortality worldwide. Objectives: Here we describe the replacement of the Gamma variant of concern (VOC) with Delta in the western Brazilian Amazon. Methods: In this study, we analysed 540 SARS-CoV-2 positive samples determined by qualitative real-time RT-PCR selected in the state of Rondônia between June and December 2021. The positive cohort was sequenced through next-generation sequencing (NGS) and each sample was quantified using real-time RT-qPCR, the whole genome sequence was obtained, SARS-CoV-2 lineages were classified using the system Pango and the maximum likelihood (ML) method was used to conduct phylogenetic analyses. Findings: A total of 540 high-quality genomes were obtained, where the Delta VOC showed the highest prevalence making up 72%, with strain AY.43 being the most abundant, while the Gamma VOC was present in 28%, where the P.1 strain was the most frequent. In this study population, only 32.96% (178/540) had completed the vaccination schedule. Main Conclusions: This study highlighted the presence of Gamma and Delta variants of SARS-CoV-2 in RO. Furthermore, we observed the replacement of the Gamma VOC with the Delta VOC and its lineages.
Databáze:	MEDLINE
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