Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Autor: Hurtado L; División Ciencias de la Salud, Universidad del Norte, Barranquilla, Colombia. hurtadogomezleidy@gmail.com., Díaz D; División Ciencias de la Salud, Universidad del Norte, Barranquilla, Colombia. diana.paticook94@gmail.com., Escorcia K; Programa de Microbióloga, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. katherineescorcia52@gmail.com., Flórez L; Programa de Microbióloga, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. lauflorez65@gmail.com., Bello Y; Unidad de Genética y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Básicas y Biomédicas, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. yesit.bello@unisimonbolivar.edu.co., Díaz Y; División Ciencias de la Salud, Universidad del Norte, Barranquilla, Colombia. olmosy@uninorte.edu.co., Navarro E; Unidad de Genética y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Básicas y Biomédicas, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia; Centro de Investigaciones en Ciencias de la Vida, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. enavarro26@unisimonbolivar.edu.co., Pacheco LC; Unidad de Genética y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Básicas y Biomédicas, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia; Centro de Investigaciones en Ciencias de la Vida, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. leonardo.pacheco@unisimonbolivar.edu.co., Galán N; Unidad de Genética y Biología Molecular, Facultad de Ciencias Básicas y Biomédicas, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia; Centro de Investigaciones en Ciencias de la Vida, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. nataly.galan@unisimonbolivar.edu.co., Maestre R; Centro de Investigaciones en Ciencias de la Vida, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia; Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. rmaestre5@unisimonbolivar.edu.co., Acosta A; Centro de Investigaciones en Ciencias de la Vida, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia; Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. aacosta24@unisimonbolivar.edu.co., Pacheco LA; Centro de Investigaciones en Ciencias de la Vida, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia; Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Simón Bolívar, Barranquilla, Colombia. lpacheco28@unisimonbolivar.edu.co.
Jazyk: English; Spanish; Castilian
Zdroj: Biomedica : revista del Instituto Nacional de Salud [Biomedica] 2022 Oct 31; Vol. 42 (Sp. 2), pp. 59-72. Date of Electronic Publication: 2022 Oct 31.
DOI: 10.7705/biomedica.6523
Abstrakt: Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos.
Objetivo: Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción.
Resultados: La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99).
Conclusiones: Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.
Databáze: MEDLINE
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