Plant In Situ Hi-C Experimental Protocol and Bioinformatic Analysis.

Autor: Pérez-de Los Santos FJ; Unidad de Genómica Avanzada, Langebio, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico., Sotelo-Fonseca JE; Unidad de Genómica Avanzada, Langebio, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico.; Unidad Irapuato, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico., Ramírez-Colmenero A; Unidad de Genómica Avanzada, Langebio, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico.; Unidad Irapuato, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico., Nützmann HW; Department of Biology and Biochemistry, The Milner Centre for Evolution, University of Bath, Bath, UK. h.nuetzmann@bath.ac.uk., Fernandez-Valverde SL; Unidad de Genómica Avanzada, Langebio, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico. selene.fernandez@cinvestav.mx., Oktaba K; Unidad Irapuato, Centro de Investigación y Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional, Irapuato, Guanajuato, Mexico. k.oktaba@cinvestav.mx.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) [Methods Mol Biol] 2022; Vol. 2512, pp. 217-247.
DOI: 10.1007/978-1-0716-2429-6_13
Abstrakt: Hi-C enables the characterization of the 0conformation of the genome in the three-dimensional nuclear space. This technique has revolutionized our ability to detect interactions between linearly distant genomic sites on a genome-wide scale. Here, we detail a protocol to carry out in situ Hi-C in plants and describe a straightforward bioinformatics pipeline for the analysis of such data, in particular for comparing samples from different organs or conditions.
(© 2022. The Author(s), under exclusive license to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature.)
Databáze: MEDLINE