Impact of SARS-CoV-2 Gamma lineage introduction and COVID-19 vaccination on the epidemiological landscape of a Brazilian city.

Autor: Banho CA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Sacchetto L; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Campos GRF; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Bittar C; Laboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Possebon FS; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil., Ullmann LS; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil., Marques BC; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., da Silva GCD; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Moraes MM; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Parra MCP; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Negri AF; Departamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Boldrin AC; Departamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Barcelos MD; Departamento de Vigilância Epidemiológica, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Dos Santos TMIL; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Milhim BHGA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Rocha LC; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Dourado FS; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Dos Santos AL; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Ciconi VB; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Patuto C; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Versiani AF; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., da Silva RA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., de Oliveira Lobl EE; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Hernandes VM; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Zini N; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Pacca CC; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.; Faculdade Ceres (FACERES), São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Estofolete CF; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Ferreira HL; Laboratório de Medicina Veterinária Preventiva Aplicada, Departamento de Medicina Veterinária, Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo Brazil., Rahal P; Laboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil., Araújo JP Jr; Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, São Paulo Brazil., Cohen JA; Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA., Kerr CC; Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA., Althouse BM; Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA USA.; University of Washington, Seattle, WA USA.; New Mexico State University, Las Cruces, NM USA., Vasilakis N; Department of Pathology, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA.; Center for Vector-Borne and Zoonotic Diseases, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA.; Center for Biodefense and Emerging Infectious Diseases, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA.; Center for Tropical Diseases, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA.; Institute for Human Infection and Immunity, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA., Nogueira ML; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto, São Paulo Brazil.; Department of Pathology, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX USA.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Communications medicine [Commun Med (Lond)] 2022 Apr 13; Vol. 2, pp. 41. Date of Electronic Publication: 2022 Apr 13 (Print Publication: 2022).
DOI: 10.1038/s43856-022-00108-5
Abstrakt: Background: The emergence of the Brazilian variant of concern, Gamma lineage (P.1), impacted the epidemiological profile of COVID-19 cases due to its higher transmissibility rate and immune evasion ability.
Methods: We sequenced 305 SARS-CoV-2 whole-genomes and performed phylogenetic analyses to identify introduction events and the circulating lineages. Additionally, we use epidemiological data of COVID-19 cases, severe cases, and deaths to measure the impact of vaccination coverage and mortality risk.
Results: Here we show that Gamma introduction in São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil, was followed by the displacement of seven circulating SARS-CoV-2 variants and a rapid increase in prevalence two months after its first detection in January 2021. Moreover, Gamma variant is associated with increased mortality risk and severity of COVID-19 cases in younger age groups, which corresponds to the unvaccinated population at the time.
Conclusions: Our findings highlight the beneficial effects of vaccination indicated by a pronounced reduction of severe cases and deaths in immunized individuals, reinforcing the need for rapid and massive vaccination.
Competing Interests: Competing interestsThe authors declare no competing interests.
(© The Author(s) 2022.)
Databáze: MEDLINE
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