Emergence of Within-Host SARS-CoV-2 Recombinant Genome After Coinfection by Gamma and Delta Variants: A Case Report.

Autor:	Francisco Junior RDS; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., de Almeida LGP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Lamarca AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Cavalcante L; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Martins Y; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Guimarães APC; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Salviano RB; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Dos Santos FL; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Oliveira TH; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Souza IV; Unidades de Apoio ao Diagnóstico da Covid-19, Rio de Janeiro, Brazil., de Carvalho EM; Unidades de Apoio ao Diagnóstico da Covid-19, Rio de Janeiro, Brazil., Ribeiro MS; Secretaria Estadual de Saúde do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Carvalho S; Secretaria Estadual de Saúde do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., da Silva FD; Secretaria Municipal de Saúde Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Garcia MHO; Secretaria Municipal de Saúde Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Souza LM; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil., da Silva CG; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil., Ribeiro CLP; Secretaria Municipal de Saúde Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Cavalcanti AC; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil., de Mello CMB; Secretaria Estadual de Saúde do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Tanuri A; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Vasconcelos ATR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Frontiers in public health [Front Public Health] 2022 Feb 22; Vol. 10, pp. 849978. Date of Electronic Publication: 2022 Feb 22 (Print Publication: 2022).
DOI:	10.3389/fpubh.2022.849978
Abstrakt:	In this study, we report the first case of intra-host SARS-CoV-2 recombination during a coinfection by the variants of concern (VOC) AY.33 (Delta) and P.1 (Gamma) supported by sequencing reads harboring a mosaic of lineage-defining mutations. By using next-generation sequencing reads intersecting regions that simultaneously overlap lineage-defining mutations from Gamma and Delta, we were able to identify a total of six recombinant regions across the SARS-CoV-2 genome within a sample. Four of them mapped in the spike gene and two in the nucleocapsid gene. We detected mosaic reads harboring a combination of lineage-defining mutations from each VOC. To our knowledge, this is the first report of intra-host RNA-RNA recombination between two lineages of SARS-CoV-2, which can represent a threat to public health management during the COVID-19 pandemic due to the possibility of the emergence of viruses with recombinant phenotypes. Competing Interests: The authors declare that the research was conducted in the absence of any commercial or financial relationships that could be construed as a potential conflict of interest. (Copyright © 2022 Francisco Junior, Almeida, Lamarca, Cavalcante, Martins, Gerber, Guimarães, Salviano, dos Santos, de Oliveira, de Souza, de Carvalho, Ribeiro, Carvalho, da Silva, Garcia, de Souza, da Silva, Ribeiro, Cavalcanti, de Mello, Tanuri and Vasconcelos.)
Databáze:	MEDLINE
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