Robust comparative performance of genomic DNA extraction methods from non-engorged phlebotomine sandflies.

Autor: Senne NA; Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil., Santos HA; Departamento de Epidemiologia e Saúde Pública, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil., Araújo TR; Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil., Paulino PG; Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil., Mendonça LP; Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil., Moreira HVS; Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil., Camilo TA; Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, Departamento de Biofísica, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil., da Costa Angelo I; Departamento de Epidemiologia e Saúde Pública, Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, Rio de Janeiro, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Medical and veterinary entomology [Med Vet Entomol] 2022 Jun; Vol. 36 (2), pp. 203-211. Date of Electronic Publication: 2022 Mar 01.
DOI: 10.1111/mve.12567
Abstrakt: The present study is a comparative analysis of DNeasy Blood & Tissue Qiagen® kit (Qiagen®, Hilden, Alemanha), salting out, HotShot and phenol-chloroform protocols to extract DNA from sandflies. In addition, a comparative test using sandflies with and without eyes evaluated the potential inhibitory effect in the cPCR. An inhibition test was performed using an exogenous DNA added to the qPCR. The genomic DNA quality of each sample was evaluated by cPCR based on the cytochrome c oxidase subunit I (cox1) gene. The DNA extraction protocols showed the following percentage of amplification: HotShot (91.6% [55/60]), salting out (71.6% [43/60]), phenol-chloroform (95% [57/60]) and kit DNeasy Blood & Tissue Qiagen® (73.3% [44/60]). The phenol-chloroform method achieved a significantly higher frequency of cox1 gene amplification. The pigment present in the phlebotomine's eyes seems to inhibit cPCR reactions since the frequency of amplification of the cox1 gene increased in the sandflies without eyes (p < 0.0001). The HotShot method showed the highest inhibitory potential. These manual extraction techniques can be an inexpensive and effective alternative to study vector-pathogen interactions.
(© 2022 Royal Entomological Society.)
Databáze: MEDLINE
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