Seroprevalence, Prevalence, and Genomic Surveillance: Monitoring the Initial Phases of the SARS-CoV-2 Pandemic in Betim, Brazil.

Autor:	Silva AVFG; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Menezes D; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Moreira FRR; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Torres OA; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Fonseca PLC; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Moreira RG; Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Alves HJ; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Alves VR; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Amaral TMR; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Coelho AN; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Saraiva Duarte JM; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., da Rocha AV; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., de Almeida LGP; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil., de Araújo JLF; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., de Oliveira HS; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., de Oliveira NJC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Zolini C; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., de Sousa JH; Programa de Pós-graduação em Biologia Celular, Departamento de Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., de Souza EG; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., de Souza RM; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Ferreira LL; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Lehmkuhl Gerber A; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil., Guimarães APC; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil., Maia PHS; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Marim FM; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Miguita L; Departamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Monteiro CC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Neto TS; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Pugêdo FSF; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Queiroz DC; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Queiroz DNAC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Resende-Moreira LC; Departamento de Botânica, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Santos FM; Programa de Pós-graduação em Biologia Celular, Departamento de Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Souza EFC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil., Voloch CM; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Vasconcelos AT; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil., de Aguiar RS; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Instituto D'Or de Pesquisa e Ensino (IDOR), Rio de Janeiro, Brazil., de Souza RP; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Frontiers in microbiology [Front Microbiol] 2022 Feb 07; Vol. 13, pp. 799713. Date of Electronic Publication: 2022 Feb 07 (Print Publication: 2022).
DOI:	10.3389/fmicb.2022.799713
Abstrakt:	The COVID-19 pandemic has created an unprecedented need for epidemiological monitoring using diverse strategies. We conducted a project combining prevalence, seroprevalence, and genomic surveillance approaches to describe the initial pandemic stages in Betim City, Brazil. We collected 3239 subjects in a population-based age-, sex- and neighborhood-stratified, household, prospective; cross-sectional study divided into three surveys 21 days apart sampling the same geographical area. In the first survey, overall prevalence (participants positive in serological or molecular tests) reached 0.46% (90% CI 0.12-0.80%), followed by 2.69% (90% CI 1.88-3.49%) in the second survey and 6.67% (90% CI 5.42-7.92%) in the third. The underreporting reached 11, 19.6, and 20.4 times in each survey. We observed increased odds to test positive in females compared to males (OR 1.88 95% CI 1.25-2.82), while the single best predictor for positivity was ageusia/anosmia (OR 8.12, 95% CI 4.72-13.98). Thirty-five SARS-CoV-2 genomes were sequenced, of which 18 were classified as lineage B.1.1.28, while 17 were B.1.1.33. Multiple independent viral introductions were observed. Integration of multiple epidemiological strategies was able to adequately describe COVID-19 dispersion in the city. Presented results have helped local government authorities to guide pandemic management. Competing Interests: The authors declare that the research was conducted in the absence of any commercial or financial relationships that could be construed as a potential conflict of interest. (Copyright © 2022 Silva, Menezes, Moreira, Torres, Fonseca, Moreira, Alves, Alves, Amaral, Coelho, Saraiva Duarte, da Rocha, de Almeida, de Araújo, de Oliveira, de Oliveira, Zolini, de Sousa, de Souza, de Souza, Ferreira, Lehmkuhl Gerber, Guimarães, Maia, Marim, Miguita, Monteiro, Neto, Pugêdo, Queiroz, Queiroz, Resende-Moreira, Santos, Souza, Voloch, Vasconcelos, de Aguiar and Souza.)
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