The first wave of the COVID-19 epidemic in Spain was associated with early introductions and fast spread of a dominating genetic variant.
| Autor: | López MG; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain., Chiner-Oms Á; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain., García de Viedma D; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón, Madrid, Spain.; CIBER Enfermedades Respiratorias (CIBERES), Bunyola, Spain., Ruiz-Rodriguez P; Instituto de Biología Integrativa de Sistemas, I2SysBio (CSIC-Universitat de València), Valencia, Spain., Bracho MA; Joint Research Unit Infection and Public Health FISABIO-University of Valencia I2SysBio, Valencia, Spain.; Ciber en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain., Cancino-Muñoz I; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain., D'Auria G; Ciber en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain.; FISABIO, Servicio de Secuenciación, València, Spain., de Marco G; FISABIO, Servicio de Secuenciación, València, Spain., García-González N; Joint Research Unit Infection and Public Health FISABIO-University of Valencia I2SysBio, Valencia, Spain., Goig GA; Department of Medical Parasitology and Infection Biology, Swiss Tropical and Public Health Institute, Basel, Switzerland., Gómez-Navarro I; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain., Jiménez-Serrano S; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain., Martinez-Priego L; FISABIO, Servicio de Secuenciación, València, Spain., Ruiz-Hueso P; FISABIO, Servicio de Secuenciación, València, Spain., Ruiz-Roldán L; Joint Research Unit Infection and Public Health FISABIO-University of Valencia I2SysBio, Valencia, Spain., Torres-Puente M; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain., Alberola J; Servicio de Microbiología. Hospital Dr Peset, Valencia, Spain.; Conselleria de Sanitat i Consum, Generalitat Valenciana, Valencia, Spain.; Departamento Microbiología, Facultad de Medicina, Universitat de València, Valencia, Spain., Albert E; Microbiology Service, Hospital Clínico Universitario, INCLIVA Research Institute, Valencia, Spain., Aranzamendi Zaldumbide M; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Cruces, Bilbao, Spain.; Grupo de Microbiología y Control de Infección, Instituto de Investigación Sanitaria Biocruces Bizkaia, Barakaldo, Spain., Bea-Escudero MP; Plataforma de Genómica y Bioinformática, Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR), Logroño, Spain., Boga JA; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Central de Asturias, Oviedo, Spain.; Grupo de Microbiología Traslacional, Instituto de Investigación Sanitaria del Principado de Asturias (ISPA), Asturias, Spain., Bordoy AE; Servicio de Microbiología, Laboratori Clínic Metropolitana Nord, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d'Investigació en Ciències de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP), Badalona, Barcelona, Spain., Canut-Blasco A; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario de Álava, Osakidetza-Servicio Vasco de Salud, Vitoria-Gasteiz (Álava), Spain., Carvajal A; Animal Health Department, Universidad de León, León, Spain., Cilla Eguiluz G; Servicio de MicrobiologíaBiodonostia, Osakidetza, Hospital Universitario Donostia, San Sebastián, Spain., Cordón Rodríguez ML; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario de Álava, Osakidetza-Servicio Vasco de Salud, Vitoria-Gasteiz (Álava), Spain., Costa-Alcalde JJ; Hospital Clínico Universitario de Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, Spain., de Toro M; Plataforma de Genómica y Bioinformática, Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR), Logroño, Spain., de Toro Peinado I; Servicio de Microbiologia, Hospital Regional Universitario de Málaga, Málaga, Spain., Del Pozo JL; Servicio de Enfermedades Infecciosas y Microbiología clínica, Clínica Universidad de Navarra, Pamplona, Spain., Duchêne S; Department of Microbiology and Immunology, Peter Doherty Institute for Infection and Immunity, University of Melbourne, Melbourne, Victoria, Australia., Fernández-Pinero J; Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, O.A., M.P. - INIA, Madrid, Spain., Fuster Escrivá B; Departamento Microbiología, Facultad de Medicina, Universitat de València, Valencia, Spain.; Servicio de Microbiología, Consorcio Hospital General Universitario de Valencia, Valencia, Spain., Gimeno Cardona C; Servicio de Microbiología, Consorcio Hospital General Universitario de Valencia, Valencia, Spain., González Galán V; Servicio de Microbiología UCEIMP, Hospital Universitario Virgen del Rocío, Sevilla, Spain., Gonzalo Jiménez N; Servicio Microbiología, Departamento de Salud de Elche-Hospital General, Elche, Alicante, Spain., Hernáez Crespo S; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario de Álava, Osakidetza-Servicio Vasco de Salud, Vitoria-Gasteiz (Álava), Spain., Herranz M; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón, Madrid, Spain.; CIBER Enfermedades Respiratorias (CIBERES), Bunyola, Spain., Lepe JA; Servicio de Microbiología UCEIMP, Hospital Universitario Virgen del Rocío, Sevilla, Spain., López-Causapé C; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Son Espases, Palma de Mallorca, Spain., López-Hontangas JL; Hospital Universitario y Politécnico La Fe, Servicio de Microbiología, Valencia, Spain., Martín V; Ciber en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain.; Research Group on Gene-Environment Interactions and Health. Institute of Biomedicine (IBIOMED), Universidad de León, León, Spain., Martró E; Ciber en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain.; Servicio de Microbiología, Laboratori Clínic Metropolitana Nord, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d'Investigació en Ciències de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP), Badalona, Barcelona, Spain., Milagro Beamonte A; Servicio de Microbiología Clínica, Hospital Universitario Miguel Servet, Zaragoza, Spain., Montes Ros M; Servicio de MicrobiologíaBiodonostia, Osakidetza, Hospital Universitario Donostia, San Sebastián, Spain., Moreno-Muñoz R; Hospital General Universitario de Castellón, Castellón, Spain., Navarro D; Departamento Microbiología, Facultad de Medicina, Universitat de València, Valencia, Spain.; Microbiology Service, Hospital Clínico Universitario, INCLIVA Research Institute, Valencia, Spain., Navarro-Marí JM; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Virgen de las Nieves, Granada, Spain.; Hospital Universitario Virgen de las Nieves, Instituto de Investigación Biosanitaria ibs, Granada, Spain., Not A; Servicio de Microbiología, Laboratori Clínic Metropolitana Nord, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d'Investigació en Ciències de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP), Badalona, Barcelona, Spain., Oliver A; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Son Espases, Palma de Mallorca, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria de las Islas Baleares, Palma, Spain., Palop-Borrás B; Servicio de Microbiologia, Hospital Regional Universitario de Málaga, Málaga, Spain., Parra Grande M; Laboratorio de Microbiología, Hospital Marina Baixa, Villajoyosa, Spain., Pedrosa-Corral I; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Virgen de las Nieves, Granada, Spain.; Hospital Universitario Virgen de las Nieves, Instituto de Investigación Biosanitaria ibs, Granada, Spain., Pérez González MC; Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrin, Las Palmas de Gran Canaria, Spain., Pérez-Lago L; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón, Madrid, Spain., Pérez-Ruiz M; Servicio de Microbiologia, Hospital Regional Universitario de Málaga, Málaga, Spain., Piñeiro Vázquez L; Servicio de MicrobiologíaBiodonostia, Osakidetza, Hospital Universitario Donostia, San Sebastián, Spain., Rabella N; Servei de Microbiologia, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain.; CREPIMC, Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau, Barcelona, Spain.; Departament de Genètica i Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, Cerdanyola, Spain., Rezusta A; Servicio de Microbiología Clínica, Hospital Universitario Miguel Servet, Zaragoza, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria de Aragón, Centro de Investigación Biomédica de Aragón (CIBA), Zaragoza, Spain.; Facultad de Medicina, Universidad de Zaragoza, Zaragoza, Spain., Robles Fonseca L; Hospital General Universitario de Albacete, Albacete, Spain., Rodríguez-Villodres Á; Servicio de Microbiología UCEIMP, Hospital Universitario Virgen del Rocío, Sevilla, Spain., Sanbonmatsu-Gámez S; Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Virgen de las Nieves, Granada, Spain.; Hospital Universitario Virgen de las Nieves, Instituto de Investigación Biosanitaria ibs, Granada, Spain., Sicilia J; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón, Madrid, Spain., Soriano A; Servicio de Enfermedades Infecciosas, Hospital Clínic de Barcelona, Barcelona, Spain., Tirado Balaguer MD; Hospital General Universitario de Castellón, Castellón, Spain., Torres I; Microbiology Service, Hospital Clínico Universitario, INCLIVA Research Institute, Valencia, Spain., Tristancho A; Servicio de Microbiología Clínica, Hospital Universitario Miguel Servet, Zaragoza, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria de Aragón, Centro de Investigación Biomédica de Aragón (CIBA), Zaragoza, Spain., Marimón JM; Servicio de MicrobiologíaBiodonostia, Osakidetza, Hospital Universitario Donostia, San Sebastián, Spain., Coscolla M; Instituto de Biología Integrativa de Sistemas, I2SysBio (CSIC-Universitat de València), Valencia, Spain. mireia.coscolla@uv.es., González-Candelas F; Joint Research Unit Infection and Public Health FISABIO-University of Valencia I2SysBio, Valencia, Spain. fernando.gonzalez@uv.es.; Ciber en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain. fernando.gonzalez@uv.es., Comas I; Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), Valencia, Spain. icomas@ibv.csic.es.; Ciber en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid, Spain. icomas@ibv.csic.es. |
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| Jazyk: | angličtina |
| Zdroj: | Nature genetics [Nat Genet] 2021 Oct; Vol. 53 (10), pp. 1405-1414. Date of Electronic Publication: 2021 Sep 30. |
| DOI: | 10.1038/s41588-021-00936-6 |
| Abstrakt: | The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has affected the world radically since 2020. Spain was one of the European countries with the highest incidence during the first wave. As a part of a consortium to monitor and study the evolution of the epidemic, we sequenced 2,170 samples, diagnosed mostly before lockdown measures. Here, we identified at least 500 introductions from multiple international sources and documented the early rise of two dominant Spanish epidemic clades (SECs), probably amplified by superspreading events. Both SECs were related closely to the initial Asian variants of SARS-CoV-2 and spread widely across Spain. We inferred a substantial reduction in the effective reproductive number of both SECs due to public-health interventions (R (© 2021. The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc.) |
| Databáze: | MEDLINE |
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