Human astrovirus types 1, 4 and 5 circulating among children with acute gastroenteritis in a rural Brazilian state, 2010-2016.

Autor: Luchs A; Instituto Adolfo Lutz, Centro de Virologia, Núcleo de Doenças Entéricas, Av. Dr Arnaldo, nº 355, São Paulo, SP, 01246-902, Brazil. driluchs@gmail.com., Tardy K; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas de Carvalho Aguiar, nº 470, São Paulo, SP, 05403-000, Brazil., Tahmasebi R; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas de Carvalho Aguiar, nº 470, São Paulo, SP, 05403-000, Brazil., Morillo SG; Instituto Adolfo Lutz, Centro de Virologia, Núcleo de Doenças Entéricas, Av. Dr Arnaldo, nº 355, São Paulo, SP, 01246-902, Brazil., Milagres FAP; Universidade Federal do Tocantins, Tocantins, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Tocantins (Lacen-TO), Tocantins, Brazil., Morais VDS; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas de Carvalho Aguiar, nº 470, São Paulo, SP, 05403-000, Brazil., Brustulin R; Universidade Federal do Tocantins, Tocantins, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Tocantins (Lacen-TO), Tocantins, Brazil., Teles MDAR; Laboratório Central de Saúde Pública do Tocantins (Lacen-TO), Tocantins, Brazil., de Azevedo LS; Instituto Adolfo Lutz, Centro de Virologia, Núcleo de Doenças Entéricas, Av. Dr Arnaldo, nº 355, São Paulo, SP, 01246-902, Brazil., de Souza EV; Instituto Adolfo Lutz, Centro de Virologia, Núcleo de Doenças Entéricas, Av. Dr Arnaldo, nº 355, São Paulo, SP, 01246-902, Brazil., Medeiros RS; Instituto Adolfo Lutz, Centro de Virologia, Núcleo de Doenças Entéricas, Av. Dr Arnaldo, nº 355, São Paulo, SP, 01246-902, Brazil., de Souza YFVP; Instituto Adolfo Lutz, Centro de Virologia, Núcleo de Doenças Entéricas, Av. Dr Arnaldo, nº 355, São Paulo, SP, 01246-902, Brazil., Araújo ELL; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública, Departamento de Articulação Estratégica de Vigilância em Saúde da Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde do Brasil (CGLAB/DAEVS/SVS-MS), Brasília, Brazil., Witkin SS; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas de Carvalho Aguiar, nº 470, São Paulo, SP, 05403-000, Brazil.; Department of Obstetrics and Gynecology, Weill Cornell Medicine, New York, USA., Deng X; Vitalant Research Institute, San Francisco, USA.; Department Laboratory Medicine, University of California San Francisco, San Francisco, USA., Delwart E; Vitalant Research Institute, San Francisco, USA.; Department Laboratory Medicine, University of California San Francisco, San Francisco, USA., Sabino EC; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas de Carvalho Aguiar, nº 470, São Paulo, SP, 05403-000, Brazil., Leal E; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Pará, Pará, Brazil., da Costa AC; Instituto de Medicina Tropical, Universidade de São Paulo, Av. Dr. Enéas de Carvalho Aguiar, nº 470, São Paulo, SP, 05403-000, Brazil. charlysbr@yahoo.com.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Archives of virology [Arch Virol] 2021 Nov; Vol. 166 (11), pp. 3165-3172. Date of Electronic Publication: 2021 Aug 21.
DOI: 10.1007/s00705-021-05206-8
Abstrakt: This study combined conventional epidemiology of human astroviruses. From 2010 to 2016, 232 stool samples from children under 5 years of age were screened using NGS and conventional RT-PCR followed by genetic analysis in order to investigate the genotypic diversity of classical human astrovirus (HAstV) circulating in Tocantins State, Brazil. HAstV was detected in 16 cases (6.9%). Seven specimens (43.7%; 7/16) were positive according RT-PCR and next-generation sequencing (NGS) to investigate the molecular to both NGS and RT-PCR. NGS and RT-PCR individually revealed six (37.5%; 6/16) and three (18.8%; 3/16) additional positive samples, respectively. Sequencing of the HAstV-positive samples revealed HAstV-1a (9/16), HAstV-4c (3/16), and HAstV-5c (4/16) lineages.
(© 2021. The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Austria, part of Springer Nature.)
Databáze: MEDLINE
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