Evaluation of RT-qPCR and Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Detection of SARS-CoV-2 in Argentina.

Autor:	Fellner MD; Servicio de Virus Oncogénicos, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Bonaventura R; Servicio de Neurovirosis, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Basiletti J; Servicio de Virus Oncogénicos, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Avaro M; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Benedetti E; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Campos A; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Dattero ME; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Russo M; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Vladmirsky S; Servicio de Hepatitis Virales, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Molina V; Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Irazu L; Unidad de Evaluación de Métodos de Diagnóstico y Estadística Aplicada, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Rodriguez MA; Unidad de Evaluación de Métodos de Diagnóstico y Estadística Aplicada, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Pontoriero A; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Cisterna DM; Servicio de Neurovirosis, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina., Baumeister EG; Servicio de Virosis Respiratorias, Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas-ANLIS Dr. Carlos G. Malbrán, Ciudad Autónoma de Buenos Aires 1282AFF, Argentina.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Genes [Genes (Basel)] 2021 Apr 28; Vol. 12 (5). Date of Electronic Publication: 2021 Apr 28.
DOI:	10.3390/genes12050659
Abstrakt:	Our aim was to evaluate the analytical and clinical performance of the SARS-CoV-2 molecular detection kits used in Argentina. Nine real-time reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) and three reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assays were evaluated using the World Health Organization (WHO) recommended test as reference method. A secondary standard calibrated for the E, N and RdRp genes against the Pan American Health Organization-World Health Organization-International Standard was used to calculate the limit of detection (LoD). A panel of artificial clinical samples, 32 positive and 30 negative for SARS-CoV-2, were analyzed to estimate the kappa concordance (κ) and the diagnostic performance. Differences among the LoD values for the target genes amplified by each kit were >1 log copies/reaction. The κ for the RT-qPCR kits was greater than 0.9, whereas that for the RT-LAMP assays ranged from 0.75 to 0.93. The clinical performance of RT-qPCR kits showed 100% specificity and high sensitivity, although with variations according to the gene analyzed. The E and N genes provided greater clinical sensitivity, whereas the RdRp gene increased the clinical specificity. The RT-LAMP assays revealed a variable diagnostic performance. The information provided can be useful to choose the most appropriate diagnostic test and may contribute to the establishment of a consensus in the diagnosis of SARS-CoV-2 in Argentina and the region.
Databáze:	MEDLINE
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