A Potential SARS-CoV-2 Variant of Interest (VOI) Harboring Mutation E484K in the Spike Protein Was Identified within Lineage B.1.1.33 Circulating in Brazil.

Autor: Resende PC; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., Gräf T; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Plataforma de Vigilância Molecular, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil., Paixão ACD; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., Appolinario L; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., Lopes RS; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., Mendonça ACDF; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., da Rocha ASB; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., Motta FC; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil., Neto LGL; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão (LACEN-MA), São Luís 65020-904, Brazil., Khouri R; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Plataforma de Vigilância Molecular, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil.; Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil., de Oliveira CI; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Plataforma de Vigilância Molecular, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil.; Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil., Santos-Muccillo P; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Plataforma de Vigilância Molecular, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil.; Laboratório de Patologia e Biologia Molecular, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz-BA, Salvador 40296-710, Brazil., Bezerra JF; Laboratório de Vigilância Molecular Aplicada, Escola Técnica de Saúde, Centro de Ciências da Saúde, Universidade Federal da Paraíba, (UFPB), João Pessoa 58051-900, Brazil., Teixeira DLF; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Paraíba (LACEN-PB), João Pessoa 58013-360, Brazil., Riediger I; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (LACEN-PR), São José dos Pinhais 83060-500, Brazil., Debur MDC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (LACEN-PR), São José dos Pinhais 83060-500, Brazil., Ribeiro-Rodrigues R; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo (LACEN-ES), Vitoria 29050-755, Brazil.; Núcleo de Doenças Infecciosas, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitoria 29050-625, Brazil., Leite AB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Alagoas (LACEN-AL), Maceió 57036-860, Brazil., do Santos CA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Sergipe (LACEN-SE), Aracaju 49020-380, Brazil., Gregianini TS; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Sul (LACEN-RS), Porto Alegre 90610-000, Brazil., Fernandes SB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina (LACEN-SC), Florianópolis 88010-002, Brazil., Bernardes AFL; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Belo Horizonte 30510-010, Brazil., Cavalcanti AC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio de Janeiro (LACEN-RJ), Rio de Janeiro 20231-092, Brazil., Miyajima F; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz), Branch Ceará, Eusebio 61760-000, Brazil., Sachhi C; Instituto Adolfo Lutz (IAL), São Paulo 01246-000, Brazil., Mattos T; Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas, Manaus 69020-040, Brazil., da Costa CF; Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas, Manaus 69060-000, Brazil., Delatorre E; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Departamento de Biologia, Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde, Universidade Federal do Espírito Santo, Alegre 29500-000, Brazil., Wallau GL; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática, Instituto Aggeu Magalhães (IAM), FIOCRUZ-PE-Recife 50740-465, Brazil., Naveca FG; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia (EDTA), Leônidas e Maria Deane Institute, Fiocruz-AM, Manaus 69057-070, Brazil., Bello G; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular, Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil., Siqueira MM; Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network, Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-360, Brazil.; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, Rio de Janeiro 21045-900, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Viruses [Viruses] 2021 Apr 21; Vol. 13 (5). Date of Electronic Publication: 2021 Apr 21.
DOI: 10.3390/v13050724
Abstrakt: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemic in Brazil was dominated by two lineages designated as B.1.1.28 and B.1.1.33. The two SARS-CoV-2 variants harboring mutations at the receptor-binding domain of the Spike (S) protein, designated as lineages P.1 and P.2, evolved from lineage B.1.1.28 and are rapidly spreading in Brazil. Lineage P.1 is considered a Variant of Concern (VOC) because of the presence of multiple mutations in the S protein (including K417T, E484K, N501Y), while lineage P.2 only harbors mutation S:E484K and is considered a Variant of Interest (VOI). On the other hand, epidemiologically relevant B.1.1.33 deriving lineages have not been described so far. Here we report the identification of a new SARS-CoV-2 VOI within lineage B.1.1.33 that also harbors mutation S:E484K and was detected in Brazil between November 2020 and February 2021. This VOI displayed four non-synonymous lineage-defining mutations (NSP3:A1711V, NSP6:F36L, S:E484K, and NS7b:E33A) and was designated as lineage N.9. The VOI N.9 probably emerged in August 2020 and has spread across different Brazilian states from the Southeast, South, North, and Northeast regions.
Databáze: MEDLINE