Pervasive transmission of E484K and emergence of VUI-NP13L with evidence of SARS-CoV-2 co-infection events by two different lineages in Rio Grande do Sul, Brazil.

Autor: Francisco RDS Jr; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Benites LF; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Lamarca AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., de Almeida LGP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Hansen AW; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Gularte JS; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Demoliner M; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., de C Guimarães AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Antunes AKE; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Heldt FH; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Mallmann L; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Hermann B; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Ziulkoski AL; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Goes V; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Schallenberger K; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Fillipi M; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Pereira F; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Weber MN; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., de Almeida PR; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Fleck JD; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil., Vasconcelos ATR; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil. Electronic address: atrv@lncc.br., Spilki FR; Laboratório de Microbiologia Molecular,Universidade Feevale, Rio Grande do Sul, Brazil. Electronic address: fernandors@feevale.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Virus research [Virus Res] 2021 Apr 15; Vol. 296, pp. 198345. Date of Electronic Publication: 2021 Feb 22.
DOI: 10.1016/j.virusres.2021.198345
Abstrakt: Emergence of novel SARS-CoV-2 lineages are under the spotlight of the media, scientific community and governments. Recent reports of novel variants in the United Kingdom, South Africa and Brazil (B.1.1.28-E484K) have raised intense interest because of a possible higher transmission rate or resistance to the novel vaccines. Nevertheless, the spread of B.1.1.28 (E484K) and other variants in Brazil is still unknown. In this work, we investigated the population structure and genomic complexity of SARS-CoV-2 in Rio Grande do Sul, the southernmost state in Brazil. Most samples sequenced belonged to the B.1.1.28 (E484K) lineage, demonstrating its widespread dispersion. We were the first to identify two independent events of co-infection caused by the occurrence of B.1.1.28 (E484K) with either B.1.1.248 or B.1.91 lineages. Also, clustering analysis revealed the occurrence of a novel cluster of samples circulating in the state (named VUI-NP13L) characterized by 12 lineage-defining mutations. In light of the evidence for E484K dispersion, co-infection and emergence of VUI-NP13 L in Rio Grande do Sul, we reaffirm the importance of establishing strict and effective social distancing measures to counter the spread of potentially more hazardous SARS-CoV-2 strains.
(Copyright © 2021. Published by Elsevier B.V.)
Databáze: MEDLINE
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