Development of a quantitative one-step multiplex RT-qPCR assay for the detection of SARS-CoV-2 in a biological matrix.

Autor:	Queiroz JADS; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil; Programa de Pós Graduação em Biologia Experimental, Fundação Universidade Federal de Rondônia- PGBIOEXP/UNIR, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Rampazzo RCP; Instituto de Biologia Molecular do Paraná - IBMP, Curitiba, Paraná, Brazil., Filho EBDS; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil; Programa de Pós Graduação em Biologia Experimental, Fundação Universidade Federal de Rondônia- PGBIOEXP/UNIR, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Oliveira GS; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Oliveira SDC; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Souza LFB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Pereira SDS; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil; Programa de Pós Graduação em Biologia Experimental, Fundação Universidade Federal de Rondônia- PGBIOEXP/UNIR, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Rodrigues MMS; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Maia ACS; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., da Silva CC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Mendonça ALFM; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Lugtenburg CAB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Aguiar FAA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Rodrigues RSS; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia - LACEN/RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Santos CHN; Secretaria de Estado de Finanças de Rondônia - SEFIN RO, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Guimarães APDS; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Máximo FR; Secretaria de Estado da Saúde de Rondônia - SESAU, Porto Velho, Rondônia, Brasil., Santos AOD; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Krieger MA; Instituto Carlos Chagas Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Salcedo JMV; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil., Dall'Acqua DSV; Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Unidade Rondônia, Porto Velho, Rondônia, Brazil; Programa de Pós Graduação em Biologia Experimental, Fundação Universidade Federal de Rondônia- PGBIOEXP/UNIR, Porto Velho, Rondônia, Brazil. Electronic address: deusilene.vieira@fiocruz.br.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases [Int J Infect Dis] 2021 Mar; Vol. 104, pp. 373-378. Date of Electronic Publication: 2021 Jan 09.
DOI:	10.1016/j.ijid.2021.01.001
Abstrakt:	Introduction: Coronavirus disease-2019 (COVID-19) is a disease caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Virus 2 (SARS-CoV-2) that emerged in China in late 2019. The rapid viral spread has made the disease a public health emergency of worldwide concern. The gold standard for diagnosing SARS-CoV-2 is reverse transcription followed by qualitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR); however, the role of viral load quantification has not been thoroughly investigated yet. Objective: The aim of this study was to develop a high-precision quantitative one-step RT-qPCR reaction using the association of the viral target and the human target in the same reaction. Methods: The assay standardization involved the absolute quantification method, with serial dilutions of a plasmid with the N gene in a biological matrix to build a standard curve. Results and Discussion: The results demonstrated the possibility of quantifying as few as 2.5 copies/reaction and an analysis of 244 patients with known results selected by cross-section that revealed 100% agreement with a qualitative RT-qPCR assay registered by Anvisa. In this population, it was possible to quantify patients with between 2.59 and 3.5 × 10 7 copies per reaction and negative patients continued to indicate the same result. Conclusion: This assay can be a useful tool for a proper patient management, because the level and duration of viral replication are important factors to assess the risk of transmission and to guide decisions regarding the isolation and release of patients; an accurate diagnosis is critical information, whereas the current COVID-19 pandemic represents the biggest current global health problem. (Copyright © 2021 The Authors. Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.)
Databáze:	MEDLINE
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