Exploring antibiotic resistance in environmental integron-cassettes through intI-attC amplicons deep sequencing.

Autor: Dias MF; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil.; Departamento de Biologia, Universidade de Aveiro, Aveiro, Portugal., de Castro GM; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., de Paiva MC; Universidade Federal de São João del-Rei, São João del-Rei, MG, Brazil., de Paula Reis M; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., Facchin S; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., do Carmo AO; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., Alves MS; Departamento de Biologia, Universidade de Aveiro, Aveiro, Portugal.; CESAM, Universidade de Aveiro, Aveiro, Portugal., Suhadolnik ML; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., de Moraes Motta A; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., Henriques I; CESAM, Universidade de Aveiro, Aveiro, Portugal.; Departamento de Ciências da Vida, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade de Coimbra, Coimbra, Portugal., Kalapothakis E; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., Lobo FP; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil., Nascimento AMA; Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Avenida Antônio Carlos 6627, Belo Horizonte, MG, 31270-901, Brazil. amaral@ufmg.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] [Braz J Microbiol] 2021 Mar; Vol. 52 (1), pp. 363-372. Date of Electronic Publication: 2020 Nov 27.
DOI: 10.1007/s42770-020-00409-8
Abstrakt: Introduction: Freshwater ecosystems provide propitious conditions for the acquisition and spread of antibiotic resistance genes (ARGs), and integrons play an important role in this process.
Material and Methods: In the present study, the diversity of putative environmental integron-cassettes, as well as their potential bacterial hosts in the Velhas River (Brazil), was explored through intI-attC and 16S rRNA amplicons deep sequencing. RESULTS AND DISCUSSION: ORFs related to different biological processes were observed, from DNA integration to oxidation-reduction. ARGs-cassettes were mainly associated with class 1 mobile integrons carried by pathogenic Gammaproteobacteria, and possibly sedentary chromosomal integrons hosted by Proteobacteria and Actinobacteria. Two putative novel ARG-cassettes homologs to fosB3 and novA were detected. Regarding 16SrRNA gene analysis, taxonomic and functional profiles unveiled Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, and Actinobacteria as dominant phyla. Betaproteobacteria, Alphaproteobacteria, and Actinobacteria classes were the main contributors for KEGG orthologs associated with resistance.
Conclusions: Overall, these results provide new information about environmental integrons as a source of resistance determinants outside clinical settings and the bacterial community in the Velhas River.
Databáze: MEDLINE
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