Adjusting RT-qPCR conditions to avoid unspecific amplification in SARS-CoV-2 diagnosis.

Autor:	Jaeger LH; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Nascimento TC; Faculdade Enfermagem, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Rocha FD; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Vilela FMP; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Duque APDN; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Silva LM; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Riani LR; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Moreira JP; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Chagas JMA; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Pereira TV; Faculdade Medicina Veterinária, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua Espírito Santo, 993, Centro, 36010-041, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Perches CGP; Hospital Universitário, Universidade Federal de Juiz de Fora, Av. Eugênio do Nascimento, s/n, Bairro Dom Bosco, 36038-330, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Watanabe ASA; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Viccini LF; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Silvério MS; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Corrêa JODA; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Pereira-Junior ODS; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil., Pittella F; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Juiz de Fora, Rua José Lourenço Kelmer, s/n-Campus Universitário, São Pedro, 36036-900, Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil. Electronic address: frederico.pittella@ufjf.edu.br.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases [Int J Infect Dis] 2021 Jan; Vol. 102, pp. 437-439. Date of Electronic Publication: 2020 Oct 29.
DOI:	10.1016/j.ijid.2020.10.079
Abstrakt:	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged in December 2019 and quickly spread around the world, forcing global health authorities to develop protocols for its diagnosis. Here we report dimer formation in the N2 primers-probe set (CDC 2019-nCoV Real-Time RT-PCR) used in the diagnostic routine, and propose alternatives to reduce dimerization events. Late unspecific amplifications were visualized in 56.4% of negative samples and 57.1% of no-template control, but not in positive samples or positive control. In silico analysis and gel electrophoresis confirmed the dimer formation. The RT-qPCR parameters were optimized and the late unspecific amplifications decreased to 11.5% in negative samples and no-template control. The adjustment of PCR parameters was essential to reduce the risk of false-positives results and to avoid inclusive results requiring repeat testing, which increases the costs and generates delays in results or even unnecessary requests for new samples. (Copyright © 2020 The Authors. Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.)
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