Fine-scale genomic analyses of admixed individuals reveal unrecognized genetic ancestry components in Argentina.

Autor: Luisi P; Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina., García A; Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.; Instituto de Antropología de Córdoba (IDACOR), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.; Universidad Nacional de Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Museo de Antropología, Córdoba, Argentina., Berros JM; Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Laboratorio de Análisis de Datos, Biocódices S.A., Buenos Aires, Argentina., Motti JMB; Núcleo de Estudios Interdisciplinarios de Poblaciones Humanas de Patagonia Austral (NEIPHA), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Quequén, Argentina., Demarchi DA; Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.; Instituto de Antropología de Córdoba (IDACOR), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.; Universidad Nacional de Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Museo de Antropología, Córdoba, Argentina., Alfaro E; Instituto de Ecorregiones Andinas (INECOA), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Jujuy, Jujuy, Argentina.; Instituto de Biología de la Altura, Universidad Nacional de Jujuy, Jujuy, Argentina., Aquilano E; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Argüelles C; Departamento de Genética, Grupo de Investigación en Genética Aplicada (GIGA), Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales, Instituto de Biología Subtropical (IBS)-Nodo Posadas, Universidad Nacional de Misiones (UNaM)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Posadas, Argentina.; Cátedra de Biología Molecular, Carrera de Medicina, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Católica de las Misiones (UCAMI), Posadas, Argentina., Avena S; Instituto de Ciencias Antropológicas (ICA), Facultad de Filosofía y Letras, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.; Centro de Estudios Biomédicos, Biotecnológicos, Ambientales y Diagnóstico (CEBBAD), Universidad Maimónides, Buenos Aires, Argentina., Bailliet G; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Beltramo J; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.; Laboratorio de Análisis Comparativo de ADN, Corte Suprema de Justicia de la Provincia de Buenos Aires, La Plata, Argentina., Bravi CM; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Cuello M; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Dejean C; Instituto de Ciencias Antropológicas (ICA), Facultad de Filosofía y Letras, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.; Centro de Estudios Biomédicos, Biotecnológicos, Ambientales y Diagnóstico (CEBBAD), Universidad Maimónides, Buenos Aires, Argentina., Dipierri JE; Instituto de Biología de la Altura, Universidad Nacional de Jujuy, Jujuy, Argentina., Jurado Medina LS; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Lanata JL; Instituto de Investigaciones en Diversidad Cultural y Procesos de Cambio (IIDyPCa), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Río Negro, San Carlos de Bariloche, Argentina., Muzzio M; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Parolin ML; Instituto de Diversidad y Evolución Austral (IDEAus), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Centro Nacional Patagónico, Puerto Madryn, Argentina., Pauro M; Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.; Instituto de Antropología de Córdoba (IDACOR), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.; Universidad Nacional de Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Museo de Antropología, Córdoba, Argentina., Paz Sepúlveda PB; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Rodríguez Golpe D; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Santos MR; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Schwab M; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Silvero N; Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina., Zubrzycki J; Laboratorio de Genómica. Biocódices S.A., Buenos Aires, Argentina., Ramallo V; Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas (IPCSH) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas-Centro Nacional Patagónico, Puerto Madryn, Argentina., Dopazo H; Departamento de Ecología, Genética y Evolución, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.; Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Biocodices S.A., Buenos Aires, Argentina.
Jazyk: angličtina
Zdroj: PloS one [PLoS One] 2020 Jul 16; Vol. 15 (7), pp. e0233808. Date of Electronic Publication: 2020 Jul 16 (Print Publication: 2020).
DOI: 10.1371/journal.pone.0233808
Abstrakt: Similarly to other populations across the Americas, Argentinean populations trace back their genetic ancestry into African, European and Native American ancestors, reflecting a complex demographic history with multiple migration and admixture events in pre- and post-colonial times. However, little is known about the sub-continental origins of these three main ancestries. We present new high-throughput genotyping data for 87 admixed individuals across Argentina. This data was combined to previously published data for admixed individuals in the region and then compared to different reference panels specifically built to perform population structure analyses at a sub-continental level. Concerning the Native American ancestry, we could identify four Native American components segregating in modern Argentinean populations. Three of them are also found in modern South American populations and are specifically represented in Central Andes, Central Chile/Patagonia, and Subtropical and Tropical Forests geographic areas. The fourth component might be specific to the Central Western region of Argentina, and it is not well represented in any genomic data from the literature. As for the European and African ancestries, we confirmed previous results about origins from Southern Europe, Western and Central Western Africa, and we provide evidences for the presence of Northern European and Eastern African ancestries.
Competing Interests: I have read the journal's policy and the authors of this manuscript have the following competing interests: PL provides consulting services to myDNAmap S.L. JMB and JZ are employed by Biocódices S.A. HD is the scientific director of Biocódices S.A. This does not alter our adherence to PLOS ONE policies on sharing data and materials.
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