FORK-seq: replication landscape of the Saccharomyces cerevisiae genome by nanopore sequencing.

Autor: Hennion M; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France.; Current address: Epigenetics and Cell Fate Center, CNRS, Université de Paris, 35 rue Hélène Brion, Paris, 75013, France., Arbona JM; Université de Lyon, ENS de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Physique, Lyon, 69342, France.; Current address: Laboratory of Biology and Modelling of the Cell, Université de Lyon, ENS de Lyon, Université Claude Bernard, CNRS UMR 5239, INSERM U1210, 46 Allée d'Italie Site Jacques Monod, Lyon, 69007, France., Lacroix L; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France., Cruaud C; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de biologie François-Jacob, Genoscope, 2 rue Gaston Crémieux, Evry, 91057, France., Theulot B; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France., Tallec BL; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France., Proux F; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France., Wu X; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France., Novikova E; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France., Engelen S; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de biologie François-Jacob, Genoscope, 2 rue Gaston Crémieux, Evry, 91057, France., Lemainque A; Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de biologie François-Jacob, Genoscope, 2 rue Gaston Crémieux, Evry, 91057, France., Audit B; Université de Lyon, ENS de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Physique, Lyon, 69342, France., Hyrien O; Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), Ecole Normale Supérieure, CNRS, INSERM, Université PSL, 46 rue d'Ulm, Paris, 75005, France. olivier.hyrien@bio.ens.psl.eu.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Genome biology [Genome Biol] 2020 May 26; Vol. 21 (1), pp. 125. Date of Electronic Publication: 2020 May 26.
DOI: 10.1186/s13059-020-02013-3
Abstrakt: Genome replication mapping methods profile cell populations, masking cell-to-cell heterogeneity. Here, we describe FORK-seq, a nanopore sequencing method to map replication of single DNA molecules at 200-nucleotide resolution. By quantifying BrdU incorporation along pulse-chased replication intermediates from Saccharomyces cerevisiae, we orient 58,651 replication tracks reproducing population-based replication directionality profiles and map 4964 and 4485 individual initiation and termination events, respectively. Although most events cluster at known origins and fork merging zones, 9% and 18% of initiation and termination events, respectively, occur at many locations previously missed. Thus, FORK-seq reveals the full extent of cell-to-cell heterogeneity in DNA replication.
Databáze: MEDLINE
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