Return of the founder Chikungunya virus to its place of introduction into Brazil is revealed by genomic characterization of exanthematic disease cases.

Autor: Pereira Gusmão Maia Z; Laboratório Central de Saúde Pública, Departamento de Virologia, Salvador, BH, Brazil., Mota Pereira F; Laboratório Central de Saúde Pública, Departamento de Virologia, Salvador, BH, Brazil., do Carmo Said RF; Coordenação Geral de Vigilância de Arboviroses (CGARB)., Fonseca V; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Gräf T; Laboratorio de Patologia Experimental, Instituto Gonçalo Moniz, Fiocruz, Salvador, BH, Brazil., de Bruycker Nogueira F; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil., Brandão Nardy V; Laboratório Central de Saúde Pública, Departamento de Virologia, Salvador, BH, Brazil., Xavier J; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Lima Maia M; Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, Brazil.; Secretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Brazil., Abreu AL; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, (CGLAB/SVS-MS) Brasília, Distrito Federal, Brazil., Campelo de Albuquerque CF; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Kleber Oliveira W; Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., Croda J; Departamento de Vigilância de Doenças Transmissíveis/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (DEVIT/SVS-MS), Brasilia, Brazil., de Filippis AMB; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil., Venancio Cunha R; Federal University of Mato Grosso do Sul, Brazil.; Fundação Oswaldo Cruz, Coordination of Health Surveillance and Reference Laboratories, Rio de Janeiro, RJ, Brazil., Lourenço J; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK., de Oliveira T; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Faria NR; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK., Junior Alcantara LC; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil., Giovanetti M; Coordenação Geral de Vigilância de Arboviroses (CGARB).; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Emerging microbes & infections [Emerg Microbes Infect] 2019 Dec 27; Vol. 9 (1), pp. 53-57. Date of Electronic Publication: 2019 Dec 27 (Print Publication: 2020).
DOI: 10.1080/22221751.2019.1701954
Abstrakt: Between June 2017 and August 2018, several municipalities located in Bahia state (Brazil) reported a large increase in the number of patients presenting with febrile illness similar to that of arboviral infections. Using a combination of portable whole genome sequencing, molecular clock and epidemiological analyses, we revealed the return of the CHIKV-ECSA genotype into Bahia. Our results show local persistence of lineages in some municipalities and the re-introduction of new epidemiological strains from different Brazilian regions, highlighting a complex dynamic of transmission between epidemic seasons and sampled locations. Estimated climate-driven transmission potential of CHIKV remained at similar levels throughout the years, such that large reductions in the total number of confirmed cases suggests a slow, but gradual accumulation of herd-immunity over the 4 years of the epidemic in Bahia after its introduction in 2014. Bahia remains a reservoir of the genetic diversity of CHIKV in the Americas, and genomic surveillance strategies are essential to assist in monitoring and understanding arboviral transmission and persistence both locally and over large distances.
Databáze: MEDLINE