SNP-based mixed model association of growth- and yield-related traits in popcorn.

Autor: Mafra GS; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Amaral Júnior ATD; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Almeida Filho JE; Bayer, Coxilha, Rio Grande do Sul, Brazil., Vivas M; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Santos PHAD; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Santos JS; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Pena GF; Universidade Estadual de Mato Grosso, Alta Floresta, Mato Grosso, Brazil., Lima VJ; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Kamphorst SH; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Oliveira FT; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Souza YP; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Schwantes IA; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Santos TO; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Bispo RB; Laboratório de Melhoramento Genético Vegetal, Centro de Ciências e Tecnologias Agropecuárias (CCTA), UENF, Campos dos Goytacazes, Rio de Janeiro, Brazil., Maldonado C; Universidad de Talca, Talca, Chile., Mora F; Universidad de Talca, Talca, Chile.
Jazyk: angličtina
Zdroj: PloS one [PLoS One] 2019 Jun 25; Vol. 14 (6), pp. e0218552. Date of Electronic Publication: 2019 Jun 25 (Print Publication: 2019).
DOI: 10.1371/journal.pone.0218552
Abstrakt: The identification of the genes responsible for complex traits is highly promising to accelerate crop breeding, but such information is still limited for popcorn. Thus, in the present study, a mixed linear model-based association analysis (MLMA) was applied for six important popcorn traits: plant and ear height, 100-grain weight, popping expansion, grain yield and expanded popcorn volume per hectare. To this end, 196 plants of the open-pollinated popcorn population UENF-14 were sampled, selfed (S1), and then genotyped with a panel of 10,507 single nucleotide polymorphisms (SNPs) markers distributed throughout the genome. The six traits were studied under two environments [Campos dos Goytacazes-RJ (ENV1) and Itaocara-RJ (ENV2)] in an incomplete block design. Based on the phenotypic data of the S1 progenies and on the genetic characteristics of the parents, the MLMA was performed. Thereafter, genes annotated in the MaizeGDB platform were screened for potential linkage disequilibrium with the SNPs associated to the six evaluated traits. Overall, seven and eight genes were identified as associated with the traits in ENV1 and ENV2, respectively, and proteins encoded by these genes were evaluated for their function. The results obtained here contribute to increase knowledge on the genetic architecture of the six evaluated traits and might be used for marker-assisted selection in breeding programs.
Competing Interests: The author JEdAF is affiliated to commercial company Bayer, the author GFP is affiliated to Universidade Estadual de Mato Grosso, and the authors CM and FM are affiliated to Universidad de Talca. This does not alter our adherence to PLOS ONE policies on sharing data and materials.
Databáze: MEDLINE
Externí odkaz:
Nepřihlášeným uživatelům se plný text nezobrazuje