Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species.

Autor:	Zuluaga A; Unidad de Micología Médica y Experimental, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia., Arango-Bustamante K; Unidad de Micología Médica y Experimental, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia., Caceres DH; ORISE Fellow with the Mycotic Diseases Branch, Centers for Disease Control and Prevention (CDC), Atlanta, USA., Sánchez-Quitian ZA; Unidad de Investigación en Proteómica y Micosis Humanas, Grupo de Enfermedades Infecciosas, Departamento de Microbiología, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia., Velásquez V; Unidad de Micología Médica y Experimental, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia., Gómez BL; Unidad de Micología Médica y Experimental, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia.; Escuela de Medicina y Ciencias de la Salud, Universidad del Rosario, Bogotá, Colombia., Parra-Giraldo CM; Unidad de Investigación en Proteómica y Micosis Humanas, Grupo de Enfermedades Infecciosas, Departamento de Microbiología, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia., Maldonado N; Laboratorio Médico de Referencia S.A.S, Grupo GERMEN, Medellín, Colombia., Cano LE; Unidad de Micología Médica y Experimental, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia.; Escuela de Microbiología, Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia., de Bedout C; Unidad de Micología Médica y Experimental, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), Medellín, Colombia., Rivera RE; Programa de Odontología, Universidad Antonio Nariño, Armenia - Quindío, Colombia.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Colombia medica (Cali, Colombia) [Colomb Med (Cali)] 2018 Sep 30; Vol. 49 (3), pp. 193-200. Date of Electronic Publication: 2018 Sep 30.
DOI:	10.25100/cm.v49i3.3774
Abstrakt:	Background: The yeasts species determination is fundamental not only for an accurate diagnosis but also for establishing a suitable patient treatment. We performed a concordance study of five methodologies for the species identification of oral isolates of Candida in Colombia. Methods: Sixty-seven Candida isolates were tested by; API® 20C-AUX, Vitek®2 Compact, Vitek®MS, Microflex® and a molecular test (panfungal PCR and sequencing). The commercial cost and processing time of the samples was done by graphical analysis. Results: Panfungal PCR differentiated 12 species of Candida , Vitek®MS and Microflex® methods identified 9 species, and API® 20C-AUX and Vitek®2 Compact methods identified 8 species each. Weighted Kappa (wK) showed a high agreement between Panfungal PCR, Vitek®MS, Microflex® and API® 20C-AUX (wK 0.62-0.93). The wK that involved the Vitek®2 Compact method presented moderate or good concordances compared with the other methods (wK 0.56-0.73). Methodologies based on MALDI TOF MS required 4 minutes to generate results and the Microflex® method had the lowest selling price. Conclusion: The methods evaluated showed high concordance in their results, being higher for the molecular methods and the methodologies based on MALDI TOF. The latter are faster and cheaper, presenting as promising alternatives for the routine identification of yeast species of the genus Candida .
Databáze:	MEDLINE
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