The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses.

Autor: Raymond O; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Gouzy J; LIPM, Université de Toulouse, INRA, CNRS, Castanet-Tolosan, France., Just J; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Badouin H; LIPM, Université de Toulouse, INRA, CNRS, Castanet-Tolosan, France.; Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR5558, Villeurbanne, France., Verdenaud M; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France.; Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay, Orsay, France., Lemainque A; CEA-Institut de Biologie François Jacob, Genoscope, Evry, France., Vergne P; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Moja S; 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CEA-Institut de Biologie François Jacob, Genoscope, Evry, France., François L; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Fu X; Key Laboratory of Horticultural Plant Biology, College of Horticulture & Forestry Sciences, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China., Yang SH; Institute of Vegetables and Flowers, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China., Dubois A; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Piola F; Univ Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, ENTPE, UMR5023 LEHNA, Villeurbanne, France., Larrieu A; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France.; Centre for Plant Sciences, Faculty of Biological Sciences, University of Leeds, Leeds, UK., Perez M; Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay, Orsay, France., Labadie K; CEA-Institut de Biologie François Jacob, Genoscope, Evry, France., Perrier L; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Govetto B; Aix Marseille Université, Avignon Université, CNRS, IRD, IMBE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie, Marseille, France., Labrousse Y; Aix Marseille Université, Avignon Université, CNRS, IRD, IMBE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie, Marseille, France., Villand P; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Bardoux C; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Boltz V; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Lopez-Roques C; INRA, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul, Castanet-Tolosan, France., Heitzler P; Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, CNRS, UPR 2357, Strasbourg, France., Vernoux T; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Vandenbussche M; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France., Quesneville H; UR1164-Research Unit in Genomics-Info, INRA, Université Paris-Saclay, Versailles, France., Boualem A; Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay, Orsay, France., Bendahmane A; Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay, Orsay, France., Liu C; Center for Molecular Biology (ZMBP), University of Tübingen, Tübingen, Germany., Le Bris M; Aix Marseille Université, Avignon Université, CNRS, IRD, IMBE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie, Marseille, France., Salse J; INRA/UBP UMR 1095 Genetics, Diversity and Ecophysiology of Cereals, Clermont-Ferrand, France., Baudino S; Univ Lyon, UJM-Saint-Etienne, CNRS, Saint-Etienne, France., Benhamed M; Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay, Orsay, France., Wincker P; CEA-Institut de Biologie François Jacob, Genoscope, Evry, France.; CNRS, Université d'Evry, UMR 8030, Evry, France., Bendahmane M; Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Lyon, France. mohammed.bendahmane@ens-lyon.fr.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Nature genetics [Nat Genet] 2018 Jun; Vol. 50 (6), pp. 772-777. Date of Electronic Publication: 2018 Apr 30.
DOI: 10.1038/s41588-018-0110-3
Abstrakt: Roses have high cultural and economic importance as ornamental plants and in the perfume industry. We report the rose whole-genome sequencing and assembly and resequencing of major genotypes that contributed to rose domestication. We generated a homozygous genotype from a heterozygous diploid modern rose progenitor, Rosa chinensis 'Old Blush'. Using single-molecule real-time sequencing and a meta-assembly approach, we obtained one of the most comprehensive plant genomes to date. Diversity analyses highlighted the mosaic origin of 'La France', one of the first hybrids combining the growth vigor of European species and the recurrent blooming of Chinese species. Genomic segments of Chinese ancestry identified new candidate genes for recurrent blooming. Reconstructing regulatory and secondary metabolism pathways allowed us to propose a model of interconnected regulation of scent and flower color. This genome provides a foundation for understanding the mechanisms governing rose traits and should accelerate improvement in roses, Rosaceae and ornamentals.
Databáze: MEDLINE