Fatal Psychrobacter sp. infection in a pediatric patient with meningitis identified by metagenomic next-generation sequencing in cerebrospinal fluid.

Autor: Ortiz-Alcántara JM; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., Segura-Candelas JM; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., Garcés-Ayala F; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., Gonzalez-Durán E; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., Rodríguez-Castillo A; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., Alcántara-Pérez P; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., Wong-Arámbula C; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., González-Villa M; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico., León-Ávila G; Laboratorio de Genética, Departamento de Zoología, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB), Instituto Politécnico Nacional, Prolongación de Carpio y Plan de Ayala, S/N, Col. Casco de Santo Tomás, Delegación Miguel Hidalgo, C.P. 11340, Mexico, D.F., Mexico., García-Chéquer AJ; Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Infecciosas, Hospital de Pediatría, Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro Médico Nacional SXXI, Av. Cuauhtémoc 330, Col. Doctores, Hospital de Pediatría, UIMEIP, CMN SXXI, IMSS, C.P. 06720, Mexico, D.F., Mexico., Diaz-Quiñonez JA; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.; Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Paseo de las Facultades S/N, Ciudad Universitaria, C.P. 04510, Mexico, D.F., Mexico., Méndez-Tenorio A; Laboratorio de Bioinformática y Biotecnología Genómica, Departamento de Bioquímica, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB), Instituto Politécnico Nacional, Prolongación de Carpio y Plan de Ayala, S/N, Col. Casco de Santo Tomás, Delegación Miguel Hidalgo, C.P. 11340, Mexico, D.F., Mexico., Ramírez-González JE; Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico. ernesto.ramirez@salud.gob.mx.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Archives of microbiology [Arch Microbiol] 2016 Mar; Vol. 198 (2), pp. 129-35. Date of Electronic Publication: 2015 Nov 06.
DOI: 10.1007/s00203-015-1168-2
Abstrakt: The genus Psychrobacter contains environmental, psychrophilic and halotolerant gram-negative bacteria considered rare opportunistic pathogens in humans. Metagenomics was performed on the cerebrospinal fluid (CSF) of a pediatric patient with meningitis. Nucleic acids were extracted, randomly amplified, and sequenced with the 454 GS FLX Titanium next-generation sequencing (NGS) system. Sequencing reads were assembled, and potential virulence genes were predicted. Phylogenomic and phylogenetic studies were performed. Psychrobacter sp. 310 was identified, and several virulence genes characteristic of pathogenic bacteria were found. The phylogenomic study and 16S rRNA gene phylogenetic analysis showed that the closest relative of Psychrobacter sp. 310 was Psychrobacter sanguinis. To our knowledge, this is the first report of a meningitis case associated with Psychrobacter sp. identified by NGS metagenomics in CSF from a pediatric patient. The metagenomic strategy based on NGS was a powerful tool to identify a rare unknown pathogen in a clinical case.
Databáze: MEDLINE
Externí odkaz: