Hist?ria evolutiva e din?mica demogr?fica de Cavia intermedia (Mammalia: Rodentia) inferida atrav?s de abordagem gen?mica

Autor: Escalona, Manuel Adrian Riveros
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2015
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RSPontifícia Universidade Católica do Rio Grande do SulPUC_RS.
Druh dokumentu: masterThesis
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Insular populations have always been the subject of interest for ecological and genetic studies. The insular Cavia intermedia is one of the rarest mammals in the world, with an average census size of about 40 individuals, corroborated by an extremely low genetic diversity and effective population size (Ne). Here, we used restricted site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to obtain genome wide sequence data of C. intermedia and its continental sister species, C. magna to study their molecular diversity and demographic history. We have generated approximately 10 millions of useable reads of 300 bp for 20 individuals each of both species. However, both using the Cavia porcellus draft genome as a reference or de novo approaches and applying stringent filters for quality and missing data, only about a hundred loci could be used. This final dataset generated widely different molecular diversity and divergence time values between methods of analyses, some compatible with the previous studies (e.g., Ne ~60 for C. intermedia) but some with significantly larger values. We suggest that to obtain a high quality and very informative dataset it would be necessary to significantly increase the sequence data as well as apply other assembly approaches.
Popula??es insulares sempre tem sido objeto de interesse para estudos gen?ticos e ecol?gicos. A esp?cie insular Cavia intermedia ? um dos mam?feros mais raros no mundo, com um tamanho de censo populacional de aproximadamente 40 indiv?duos, corroborado por uma diversidade gen?tica e tamanho populacional efetivo (Ne) extremamente baixos. Aqui, n?s usamos sequenciamento de DNA associado a s?tios de restri??o (no ingl?s, RAD-seq) para obter dados de sequencias ao longo do genoma de C. intermedia e sua esp?cie-irm? continental, C. magna, para estudar sua diversidade molecular e hist?ria demogr?fica. N?s geramos um total de 10 milh?es de reads de 300 bp para 20 indiv?duos de cada esp?cie. Entretanto, mesmo usando o genoma de Cavia porcellus como refer?ncia ou abordagem de novo e aplicando filtros rigoroso para qualidade e dados faltantes, apenas uma centena de loci puderam ser usados. Este conjunto final de dados gerou valores de diversidade molecular e tempo de diverg?ncia amplamente diferentes entre os m?todos de an?lise, alguns compat?veis com estudos anteriores (e.g., Ne ~60 para C. intermedia) mas alguns com valores significativamente maiores. N?s sugerimos que para obter um conjunto de dados de alta qualidade e muito informativo seria necess?rio aumentar significativamente os dados de sequ?ncia bem como aplicar outras abordagens de montagem.
Databáze: Networked Digital Library of Theses & Dissertations
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