Genetic Associations with Age-related Macular Degeneration and Genetic Risk Score in the Epidemiologic Coimbra Eye Study

Autor: Farinha, Claudia, Barreto, Patrícia, Coimbra, Rita, Cachulo, Maria Luz, Melo, Joana Barbosa, Hoyng, Carel B., Cunha-Vaz , José, Murta, Joaquim, Silva, Rufino
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: Revista Sociedade Portuguesa de Oftalmologia; Vol. 46 No. 1 (2022); 33-42
Revista Sociedade Portuguesa de Oftalmologia; Vol. 46 N.º 1 (2022); 33-42
ISSN: 1646-6950
0129-8674
Popis: Introduction: To date several genetic variants are known to play an important role in age-related macular degeneration(AMD). Variations in the genetic pool of different populations impact the disease prevalence, incidence and risk of progression. This report aims to determine the genetic contribution in the development of AMD in a Portuguese population from the Coimbra Eye Study (CES,NCT01298674,NCT02748824), and to determine the genetic risk score(GRS). Methods: Participants in the CES underwent ophthalmologic examination and imaging in baseline and 6.5-year follow-up visits. AMD staging was performed in a centralized reading center. Two genetic analyses were performed, a case-control analysis and a progression to AMD analysis. Genomic DNA was isolated from blood samples collected in the follow-up visit. Genetic sequencing was performed using the EYERISK assay under the European Eye Epidemiology Consortium (E3). Sixty-nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) were genotyped and tested for association under an additive model with presence/absence of AMD in the follow-up visit, and with progression/no progression in the longitudinal analysis. Logistic regression analysis was performed to assess allelic odds ratio at 95% CI for each variant, adjusted for age and sex. GRS were calculated for AMD cases/controls and progressors/non-progressors. Results: In case-control analysis samples from 237 patients and 640 controls were included. The SNPs associated to increased risk of AMD were: ARMS2 rs10490924, ARMS2/HTRA1 rs3750846,CFH rs35292876,SLC16A8 rs8135665,TGFBR1 rs1626340. The SNPs with protective effect were: CFH rs10922109, CFH rs1410996,C2/CFB/SKIV2L rs429608,CETP rs5817082,CNN2 rs10422209,CFB rs641153 and RDBP_CFB rs760070. In progression to AMD analysis (630 non-progressors and 137 progressors), identified risk-variants for progression were: ARMS2 rs10490924, ARMS2/HTRA1 rs3750846,CFH rs35292876; and protective variants were C2_CFB_SKIV2L rs429608,CFH rs10922109,CFH rs1410996,CNN2 rs10422209,CFHR5 rs10922153,SYN3/TIMP3 rs5754227,COL10A1 rs3812111. The GRS for AMD cases and controls was 1.12±1.19 and 0.65±1.12 (p
Introdução: Vários single nucleotide polymorphisms (SNPs) foram já identificados em associação à degenerescência macular da idade (DMI). Variações no pool genético afetam a prevalência, incidência e risco de progressão da doença em diferentes populações. Este estudo tem como objetivo caracterizar as associações genéticas na DMI numa população portuguesa do estudo epidemiológico Coimbra Eye Study (CES,NCT01298674,NCT02748824) e determinar o genetic risk score (GRS). Métodos: Os participantes foram submetidos a exame oftalmológico e imagiologia na visita inicial do CES e na dos 6,5 anos de seguimento. O estadiamento da DMI foi realizado num centro de leitura centralizado. Procedemos a duas análises genéticas: uma de caso-controlo e uma longitudinal de progressão para DMI. O DNA genómico foi isolado de amostras de sangue e o sequenciamento genético foi realizado usando o EYERISK-assay do European Eye Epidemiology Consortium (E3). Sessenta e nove SNPs foram genotipados e testados para associação com presença/ausência de DMI na coorte da visita final, e com progressores/não-progressores na análise longitudinal. Usámos regressão logística para avaliar a odds ratio alélica com IC a 95% para cada variante, ajustada ao sexo e idade. Os GRS foram calculados para casos/controlos e progressores/não-progressores. Resultados: Na análise caso-controlo foram incluídas amostras de 237 doentes e 640 controlos. Os SNPs associados a risco aumentado de DMI foram: ARMS2 rs10490924,ARMS2/HTRA1 rs3750846,CFH rs35292876,SLC16A8 rs8135665,TGFBR1 rs1626340. Os SNPs com efeito protetor foram: CFH rs10922109,CFH rs1410996,C2 / CFB / SKIV2L rs429608,CETP rs5817082,CNN2 rs10422209,CFB rs641153 e RDBP_CFB rs760070. Na análise de progressão para DMI (630 não-progressores e 137 progressores), as variantes de risco identificadas foram: ARMS2 rs10490924,ARMS2/HTRA1 rs3750846,CFH rs35292876; e as variantes protetoras foram C2_CFB_SKIV2L rs429608,CFH rs10922109,CFH rs1410996,CNN2 rs10422209,CFHR5 rs10922153,SYN3/TIMP3 rs5754227, COL10A1 rs3812111. O GRS de casos e controlos foi 1,12±1,19 e 0,65±1,12 (p
Databáze: OpenAIRE
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