The sample of choice for detecting Middle East respiratory syndrome coronavirus in asymptomatic dromedary camels using real-time reversetranscription polymerase chain reaction

Autor: K A, Mohran, E A B, Farag, C B E, Reusken, V S, Raj, M M, Lamers, S D, Pas, J, Voermans, S L, Smits, M M, Alhajri, F, Alhajri, H E, Al-Romaihi, H, Ghobashy, M M, El-Maghraby, S H S, Al Dhahiry, N, Al-Mawlawi, A M, El-Sayed, M, Al-Thani, S A, Al-Marri, B L, Haagmans, M P G, Koopmans
Rok vydání: 2017
Předmět:
Zdroj: Revue scientifique et technique (International Office of Epizootics). 35(3)
ISSN: 0253-1933
Popis: The newly identified Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV), which causes severe respiratory disease, particularly in people with comorbidities, requires further investigation. Studies in Qatar and elsewhere have provided evidence that dromedary camels are a reservoir for the virus, but the exact modes of transmission of MERS-CoV to humans remain unclear. In February 2014, an assessment was made of the suitability and sensitivity of different types of sample for the detection of MERSCoV by real-time reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) for three gene targets: UpE (upstream of the E gene), the N (nucleocapsid) gene and open reading frame (ORF) 1a. Fifty-three animals presented for slaughter were sampled. A high percentage of the sampled camels (79% [95% confidence interval 66.9-91.5%, standard error 0.0625]; 42 out of 53) were shown to be shedding MERS-CoV at the time of slaughter, yet all the animals were apparently healthy. Among the virus-positive animals, nasal swabs were most often positive (97.6%). Oral swabs were the second most frequently positive (35.7%), followed by rectal swabs (28.5%). In addition, the highest viral load, expressed as a cycle threshold (Ct) value of 11.27, was obtained from a nasal swab. These findings lead to the conclusion that nasal swabs are the candidate sample of choice for detecting MERS-CoV using RT-PCR technology in apparently healthy camels.Des travaux de recherche approfondis sont encore nécessaires concernant le coronavirus responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERSCoV), un virus identifié récemment et qui provoque des troubles respiratoires sévères en particulier chez les individus atteints de pathologies multiples. Les études effectuées au Qatar et ailleurs ont démontré que les dromadaires font office de réservoirs du virus ; toutefois, les modalités précises de la transmission du MERS-CoV à l’être humain demeurent obscures. En février 2014, une équipe de chercheurs a évalué l’adéquation et la sensibilité de plusieurs types d’échantillons pour détecter le MERS-CoV en utilisant l’amplification en chaîne par polymérase couplée à une transcription inverse en temps réel (RT-PCR) spécifique pour trois cibles génétiques, à savoir la séquence UpE (en amont du gène E), le gène N (nucléocapside) et le cadre de lecture ORF1a. Pour ce faire, divers prélèvements ont été effectués sur 53 dromadaires destinés à l’abattage. Un fort pourcentage de ces dromadaires (79 % [intervalle de confiance à 95 % compris entre 66,9 et 91,5 %, erreur standard : 0,0625], soit 42 sur 53) excrétaient le MERSCoV au moment de l’abattage, mais aucun ne présentait le moindre signe clinique. Les échantillons dans lesquels le plus de cas positifs ont été détectés étaient les écouvillons nasaux (97,6 %). Venaient ensuite les écouvillons oraux, qui ont détecté 35,7 % de cas positifs, puis les écouvillons rectaux (28,5 % de cas positifs détectés). Par ailleurs, ce sont les écouvillons nasaux qui ont permis d’obtenir l’intensité la plus élevée de la réponse de la RT-PCR, exprimée en une valeur du seuil de cycles de 11,27. Ces résultats permettent de conclure que les écouvillons nasaux sont les échantillons à privilégier pour la détection du MERS-CoV par RTPCR chez les dromadaires asymptomatiques.Es preciso investigar más a fondo el coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV), recién identificado, que provoca una grave enfermedad respiratoria, sobre todo en personas con afecciones concomitantes. Estudios realizados en Qatar y otros lugares han deparado pruebas de que los dromedarios son un reservorio del virus, pero aún no están del todo claros los modelos exactos de transmisión del MERS-CoV al ser humano. Los autores describen un análisis realizado en febrero de 2014 de la idoneidad y sensibilidad de distintos tipos de muestra para detectar el MERS-CoV mediante una reacción en cadena de la polimerasa acoplada a transcripción inversa en tiempo real (RTPCR) dirigida contra tres genes: el gen UpE (upstream of the E gene: en dirección 5’ desde el gen E); el gen N (nucleocápside) y el marco de lectura abierto (ORF) 1a. Para ello se tomaron muestras de 53 animales enviados al sacrificio. Se comprobó que un elevado porcentaje de los dromedarios analizados (un 79% [intervalo de confianza al 95%: 66,9–91,5%; error estándar: 0,0625], esto es, 42 de 53) excretaban virus en el momento del sacrificio, pese a que todos los animales parecían estar sanos. Entre los ejemplares positivos para el MERS-CoV, las muestras que con más frecuencia arrojaban resultado positivo eran los frotis nasales (97,6%). Las segundas, por orden de frecuencia, eran los frotis bucales (35,7%), seguidos de los frotis rectales (28,5%). Además, la carga viral más alta, expresada por un valor de ciclo umbral (Ct) (o punto de cruce) de 11,27, se obtuvo a partir de un frotis nasal. Estos resultados llevan a la conclusión de que los frotis nasales son el tipo de muestra más adaptado para detectar el MERS-CoV en dromedarios aparentemente sanos mediante la técnica de RT-PCR.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: