Avaliação in silico do efeito inibitório dos antirretrovirais Atazanavir e Darunavir sobre a principal protease do SARS-CoV-2: estudos de docking e dinâmica molecular

Autor: Silva, José Danilo de Sousa, Leite, Samuel da Costa, Silva, Maria Thalita Sobral da, Meirelles, Lyghia Maria Araújo, Andrade, Anderson Wilbur Lopes
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2020
Předmět:
Zdroj: Research, Society and Development; Vol. 9 No. 8; e826986562
Research, Society and Development; Vol. 9 Núm. 8; e826986562
Research, Society and Development; v. 9 n. 8; e826986562
Research, Society and Development
Universidade Federal de Itajubá (UNIFEI)
instacron:UNIFEI
ISSN: 2525-3409
Popis: SARS-CoV-2 is part of an RNA virus family described again in 2019, causing the Covid-19 disease. The integration of computational strategies is of great importance in the identification and development of promising new compounds. Atazanavir and Darunavir, were designed to combat resistance to mutant drugs mainly by increasing the number of polar interactions with the main atoms in the HIV protease chain. This study aims to assess the molecular interaction of the drugs Atazanavir and Darunavir with the main SARS-CoV-2 protease through docking and molecular dynamics studies. This is a descriptive, experimental study with a qualitative and quantitative approach on the subject. For that, using the programs BIOVIA Discovery Studio, PyMol, AutoDock Tools 1.5.6, AutoDock Vina, the modeling and simulation of the anchoring of the drug at the action site were carried out. Lower scores were demonstrated, with -7.0 (Darunavir) the closest to the UAW 247 Inhibitor. It is possible to notice that the drugs showed similar residual bonds, also, in relation to the protease structure, the closest tested molecule was Atazanavir. Taking into account the stability of the RMSD values, it is valid to infer that in relation to the UAW 247 inhibitor, the drug Atazanavir is the one that best resembles, unlike Darunavir, which presents greater variations. The two drugs fit into the binding site mainly due to electrostatic interactions and hydrogen bonds. Atazanavir is the most similar to molecular activity, and Darunavir is the one with the best anchoring score. El SARS-CoV-2 es parte de una familia de virus de ARN descrita nuevamente en 2019, que causa la enfermedad de Covid-19. La integración de estrategias computacionales es de gran importancia en la identificación y desarrollo de nuevos compuestos prometedores. Atazanavir y Darunavir, fueron diseñados para combatir la resistencia a las drogas mutantes principalmente aumentar el número de interacciones polares con átomos principales en cadena de la proteasa del VIH. Este estudio tiene como objetivo evaluar la interacción molecular de los medicamentos Atazanavir y Darunavir con la proteasa principal del SARS-CoV-2 através de estudios de acoplamiento y dinámica molecular. Este es un estudio descriptivo, experimental con un enfoque cuali-cuantitativo sobre el tema. Para ello, utilizando los programas BIOVIA Discovery Studio, PyMol, AutoDock Tools 1.5.6, AutoDock Vina, se realizó el modelado y simulación del anclaje del fármaco en sitio de acción. Se demostraron puntuaciones más bajas, siendo -7.0 (Darunavir) más cercano al inhibidor UAW 247. Es posible notar que los fármacos mostraron conexiones residuales similares, también, en relación con estructura de la proteasa, la molécula probada más cercana fue Atazanavir. Teniendo en cuenta la estabilidad de los valores de RMSD, es válido inferir que, en relación con el inhibidor de UAW 247, el medicamento Atazanavir es el que mejor se asemeja, el Darunavir, presenta mayores variaciones. Las dos drogas encajan en el sitio de unión principalmente debido a interacciones electrostáticas y enlaces de hidrógeno. Atazanavir es más similar a la actividad molecular, y Darunavir es el que tiene mejor puntuación de anclaje. O SARS-CoV-2 faz parte de uma família vírus de RNA novamente descrito em 2019, sendo o causador da doença Covid-19. A integração de estratégias computacionais tem grande importância na identificação e desenvolvimento de novos compostos promissores. Atazanavir e Darunavir, foram projetados para combater a resistência a fármacos mutantes principalmente por meio do aumento do número de interações polares com os principais átomos da cadeia da protease do HIV. Este estudo visa avaliar a interação molecular dos fármacos Atazanavir e Darunavir com a principal protease do SARS-CoV-2 através de estudos de docking e dinâmica molecular. Trata-se de um estudo descritivo, do tipo experimental com uma abordagem quali-quantitativa sobre o tema. Para tanto utilizando-se dos programas BIOVIA Discovery Studio, PyMol, AutoDock Tools 1.5.6, AutoDock Vina, foram realizadas a modelagem e simulação de ancoragem do fármaco no local de ação. Foram demonstradas pontuações menores, sendo -7.0 (Darunavir) a mais próxima do Inibidor UAW 247. É possível perceber que os fármacos demonstraram ligações residuais semelhantes, também, em relação à estrutura da protease, a molécula testada mais próxima foi o Atazanavir. Levando em consideração a estabilidade dos valores RMSD, é válido inferir que em relação ao inibidor UAW 247, o fármaco Atazanavir é aquele que melhor se assemelha, ao contrário do Darunavir, que apresenta variações maiores. Os dois fármacos encaixaram no local de ligação devido principalmente, a interações eletrostáticas e pontes de hidrogênio. O Atazanavir é o que mais se assemelha à atividade molecular, e o Darunavir é o que apresenta melhor pontuação de ancoragem.
Databáze: OpenAIRE
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