Yam asymptomatic virus 1, a novel virus infecting yams (Dioscorea spp.) with significant prevalence in a germplasm collection

Autor: Pierre-Yves Teycheney, Lydiane Bonheur, Sandy Contreras, Marie Umber, Sébastien Theil, Rose-Marie Gomez, Chantal Faure, Charlotte Julian, Philippe Roumagnac, Isabelle Acina-Mambole, Armelle Marais, Denis Filloux, Thierry Candresse, Claudie Pavis
Přispěvatelé: Biologie du fruit et pathologie (BFP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Bordeaux (UB), Agrosystèmes tropicaux (ASTRO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Union (EU), Guadeloupe Region, ANR-11-EBIM-0002,SafePGR,Amélioration du diagnostic viral pour sécuriser les ressources génétiques végétales(2011), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2020
Předmět:
Germplasm
Veterinary medicine
Phylogénie
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Igname
Prevalence
Guadeloupe
Phylogeny
0303 health sciences
yam asymptomatic virus 1
Phylogenetic tree
biology
Dioscorea
caracterisation
food and beverages
high-throughput sequencing
General Medicine
YaV1
food.ingredient
Dioscorea spp
Virologie végétale
Genome
Viral
Virus phytopathogène
Real-Time Polymerase Chain Reaction
Plante tropicale
03 medical and health sciences
food
Phylogenetics
Virology
Plant virus
ampelovirus
Genetic variation
Sequence
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
030304 developmental biology
H20 - Maladies des plantes
Plant Diseases
030306 microbiology
phylogenetic analysis
Genetic Variation
Virus des végétaux
biology.organism_classification
[SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Novel virus
Ampelovirus
Closteroviridae
Zdroj: Archives of Virology
Archives of Virology, Springer Verlag, 2020, 165 (11), pp.2653-2657. ⟨10.1007/s00705-020-04787-0⟩
Archives of Virology, 2020, 165 (11), pp.2653-2657. ⟨10.1007/s00705-020-04787-0⟩
ISSN: 0304-8608
1432-8798
Popis: A novel virus infecting yams (Dioscorea spp.), tentatively named “yam asymptomatic virus 1” (YaV1), was characterized and sequenced from an asymptomatic D. alata plant from Vanuatu. Sequence comparisons and phylogenetic analysis showed that YaV1 is a novel ampelovirus and has the smallest genome among “subgroup 1” members. RT-PCR-based screening of a yam germplasm collection conserved in Guadeloupe showed that YaV1 is prevalent in D. alata, D. bulbifera, D. cayen-nensis subsp. rotundata, D. esculenta and D. trifida accessions but causes no apparent symptoms. Additional phylogenetic analysis revealed a low variability of YaV1 in Guadeloupe in a limited part of the genome, and suggested the occurrence of plant-to-plant transmission.
Databáze: OpenAIRE
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