Sequencing and Chromosome-Scale Assembly of Plant Genomes, Brassica rapa as a Use Case

Autor: Laurie Bertrand, Jean-Marc Aury, Cyril Falentin, Patrick Wincker, Corinne Cruaud, Karine Labadie, Caroline Belser, Benjamin Istace, Anne-Marie Chèvre, Mathieu Rousseau-Gueutin, Loeiz Maillet, Franz Boideau, Gwenaëlle Deniot
Přispěvatelé: Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), ANR-10-INBS-09–08, Agence Nationale de la Recherche, ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2021
Předmět:
Zdroj: Biology
Biology, 2021, 10 (8), ⟨10.3390/biology10080732⟩
Volume 10
Issue 8
Biology, MDPI 2021, 10 (8), ⟨10.3390/biology10080732⟩
Biology, Vol 10, Iss 732, p 732 (2021)
ISSN: 2079-7737
Popis: With the rise of long-read sequencers and long-range technologies, delivering high-quality plant genome assemblies is no longer reserved to large consortia. Not only sequencing techniques, but also computer algorithms have reached a point where the reconstruction of assemblies at the chromosome scale is now feasible at the laboratory scale. Current technologies, in particular long-range technologies, are numerous, and selecting the most promising one for the genome of interest is crucial to obtain optimal results. In this study, we resequenced the genome of the yellow sarson, Brassica rapa cv. Z1, using the Oxford Nanopore PromethION sequencer and assembled the sequenced data using current assemblers. To reconstruct complete chromosomes, we used and compared three long-range scaffolding techniques, optical mapping, Omni-C, and Pore-C sequencing libraries, commercialized by Bionano Genomics, Dovetail Genomics, and Oxford Nanopore Technologies, respectively, or a combination of the three, in order to evaluate the capability of each technology.
Databáze: OpenAIRE
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