Characterization of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from indigenous peoples of Colombia
| Autor: | Angie Zabaleta, Lina Erazo, Darío Puerto, Martha Isabel Murcia, Claudia Llerena, Gloria Puerto |
|---|---|
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2019 |
| Předmět: |
Male
Delayed Diagnosis población indígena genotype Culture resistencia a medicamentos Antitubercular Agents lcsh:Medicine Polymerase Chain Reaction molecular epidemiology Beijing Pregnancy Pregnancy Complications Infectious Child Aged 80 and over education.field_of_study indigenous population (public health) Middle Aged Phenotype Child Preschool Female Adult medicine.medical_specialty Tuberculosis lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine Adolescent lcsh:RC955-962 Population Biology Colombia General Biochemistry Genetics and Molecular Biology Indigenous Mycobacterium tuberculosis Young Adult medicine Humans education Genotyping Aged Repetitive Sequences Nucleic Acid drug resistance Molecular epidemiology Public health Indians South American lcsh:R Infant biology.organism_classification medicine.disease Tuberculosis/epidemiología Tuberculosis/epidemiology genotipo epidemiología molecular Demography |
| Zdroj: | Biomédica: revista del Instituto Nacional de Salud, Vol 39, Iss Supl. 2, Pp 78-92 (2019) Biomédica, Volume: 39 Supplement 2, Pages: 78-92, Published: AUG 2019 |
| ISSN: | 0120-4157 |
| Popis: | Introduction: Tuberculosis continues to be a public health priority. Indigenous peoples are vulnerable groups with cultural determinants that increase the risk of the disease. Objective: To determine molecular epidemiology and phenotypical features and of Mycobacterium tuberculosis isolates from indigenous people in Colombia during the period from 2009 to 2014. Materials and methods: We conducted an analytical observational study; we analyzed 234 isolates to determine their patterns of sensitivity to antituberculosis drugs and their molecular structures by spoligotyping. Results: The isolates came from 41 indigenous groups, predominantly the Wayúu (13.10%) and Emberá Chamí (11.35%). We found 102 spoligotypes distributed among seven genetic families (37.2% LAM, 15.8% Haarlem, 8.1% T, 3.4% U, 2.6% S, 2.1% X, and 0.9%, Beijing). The association analysis showed that the non-clustered isolates were related to prior treatment, relapse, orphan spoligotypes, and the Beijing family. The H family presented an association with the Arhuaco and Camëntŝá indigenous groups, the U family was associated with the Wounaan group, and the T family was associated with the Motilón Barí group. Conclusions: This is the first national study on M. tuberculosis characterization in indigenous groups. The study evidenced that diagnosis in indigenous people is late. We described 53% of orphan patterns that could be typical of the Colombian indigenous population. The high percentage of grouping by spoligotyping (62%) could indicate cases of active transmission, a situation that should be corroborated using a second genotyping marker. A new Beijing spoligotype (Beijing-like SIT 406) was identified in Colombia. RESUMEN Introducción. La tuberculosis es prioridad de salud pública. Los pueblos indígenas son vulnerables debido a los factores culturales determinantes que aumentan el riesgo de tuberculosis. Objetivo. Determinar la epidemiologia molecular y las características fenotípicas de los aislamientos de Mycobacterium tuberculosis de pueblos indígenas de Colombia entre 2009 y 2014. Materiales y métodos. Se hizo un estudio observacional analítico; se analizaron 234 aislamientos para determinar la sensibilidad a los fármacos antituberculosos y la estructura molecular usando spoligotyping. La información epidemiológica se recolectó utilizando el formato único de vigilancia de micobacterias. Resultados. Los aislamientos provenían de 41 grupos indígenas, principalmente los wayúu (13,10 %) y emberá chamí (11,35 %). Se encontraron 102 genotipos distribuidos en siete familias genéticas (37,2 %, LAM; 15,8 %, Haarlem; 8,1 %, T; 3,4 %, U; 2,6 %, S; 2,1 %, X, y 0,9%, Beijing). El análisis de asociación mostró que los aislamientos no agrupados se asociaron con el tratamiento previo, las recaídas, los genotipos huérfanos y la familia Beijing. La familia H presentó una asociación con los grupos indígenas arhuaco y camëntŝá, la familia U se asoció con el grupo wounaan y la familia T con el grupo motilón barí. Conclusiones. Este es el primer estudio nacional de caracterización de M. tuberculosis en grupos indígenas. Se evidenció que el diagnóstico en indígenas es tardío, y que 53 % de los patrones huérfanos podrían ser típicos de la población indígena colombiana. El alto porcentaje de agrupamiento por spoligotyping (62%) podría indicar casos de transmisión activa, una situación que debe ser corroborada usando un segundo marcador de genotipificación. Se identificó un nuevo genotipo (Beijing-like SIT 406) en Colombia. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|