| Popis: |
В нашей предыдущей работе были рассмотрены общие подходы, принципы и перспективы изучения микробиомов в возрастной (онтогенетической) и эволюционной (филогенетической) динамике [1]. Касаясь изучаемых объектов, следует подчеркнуть значимость включения в анализ не только бактериального и вирусного компонентов (вирусов как эукариотического host’a, так и бактериофагов), но и плазмид и иных генетических мобильных элементов [2]. Относительно методов изучения, следует особо отметить, что современные методы структурной оценки микробиоценоза с использованием метагеномного анализа или ГХ-МС-анализа, конечно, позволяют получить более полную информацию о биоразнообразии исследуемого микробного сообщества, позволяя оценить спектр микроорганизмов с гораздо большей широтой (включая некультивируемые формы) и точностью. Однако, их использование характеризуется рядом принципиальных ограничений: 1) почти не оценивают реализацию генетического потенциала микроорганизмов (баланс свободных вирионов литических фагов и интегрированных профагов, фагорезистентность, антибиотикорезистентность, псевдолизогения – эффекты, оцениваемые фенотипически); 2) не оценивает характер взаимоотношений выделенных из одного образца конкретных микроорганизмов-антагонистов (бактерий и фагов); 3) почти не позволяет оценить принадлежность нехромосомных генетических носителей (плазмид) к конкретному бактериальному изоляту (и, таким, образом, отследить распространённость и пути их переноса в популяции данного экотопа). Метагеномный анализ очень информативен для оценки полного биоразнообразия микробиома. Однако, если целью исследований является не только оценка генетического разнообразия, сколько оценка функциональных взаимоотношений компонентов микробиоценоза, причём в динамике, незаменимыми остаются классические методы микробиологии, основанные на выделении изолятов и изучении их свойств и взаимодействия in vitro. Так можно определить симбиотические и антагонистические (антибиотические) эффекты, проявляемые микроорганизмами относительно друг друга, которые, вероятно, являются одной из причин онтогенетической динамики микробиомов. Результаты проведённых исследований показывают, что причины наблюдаемой сверхбыстрой смены изолятов бактерий и соответствующих фагов в возрастной динамике, остаются по-прежнему неясными, не похожими, вопреки ожиданиям, на волны типа «хищник-жертва» [3, 4, 5]. |
