Determination of SNP 5mC/T in position Chr1: 245618129 in DNA samples from the human blood by GlaI- and FatI-PCR
| Autor: | Akishev, A.G., Netesova, N.A., Abdurashitov, M.A., Degtyarev, S.Kh. |
|---|---|
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2019 |
| Předmět: | |
| DOI: | 10.26213/se.2019.69.42836 |
| Popis: | SNP 5mC/T (Chr1: 245618129) in DNA samples from the human blood of 92donors was studied by GlaI and FatI-PCR assay. The work includes a) isolation of DNA from the blood cells, b) GlaI and FatI-PCR assay of DNA fragment Chr1: 245617889 – 245618464, c) determination of 5mC (Chr1: 245618129) and thymine in DNA preparations and d) comparative analysis of the obtained results. It was shown that in position (Chr1: 245618129) 43 donors (46,74%) have a heterozygote (5mC/T), 28 donors (30,43%) have homozygote (T/T) and 21 donors (22,83%) have homozygote (5mC/5mC). Thus, taking into account a diploid set of chromosomes in the blood cells, SNP 5mC/T is observed in 99 positions from 184 (53,8%). The results obtained have shown that cytosine in position Chr1: 245618129 in the most of the blood DNA is methylated. Методами GlaI- и FatI-ПЦР анализа определяли частоты вариантов полиморфизма 5mC/T в положении хр1: 245618129 (по геномной сборке GRCh38.p13) в препаратах ДНК, выделенной из клеток крови 92 человек. Исследование включало (1) выделение лейкоцитарной ДНК из клеток крови, (2) проведение GlaI- и FatI-ПЦР анализа фрагмента ДНК хр1: 245617889 — 245618464, (3) определение 5-метилцитозина и тимина в позиции хр1: 245618129 в анализируемых препаратах ДНК и (4) сравнительный анализ полученных результатов. Показано, что 43 донора (46,74%) имеют гетерозиготный набор C/T в положении хр1: 245618129, 28 доноров (30,43%) гомозиготны по T, а 21 донор (22,83%) – по C. Таким образом, принимая во внимание, что клетки крови имеют диплоидный набор хромосом, замена C на T встречается в 99 из 184 проанализированных вариантов (53,8%). При этом из полученных результатов следует, что цитозин в положении хр1: 245618129 в бОльшей части молекул ДНК находится в метилированной форме (5-метилцитозин). |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|