| Popis: |
Le barcoding est un outil récent développé à des fins d’identification d’organismes à partir de séquences d’ADN courtes situées sur des gènes communs à un groupe d’organismes et dont les fines différences permettent de distinguer les espèces. Cet outil a peu été utilisé dans le cadre d’études d’interfaces entre faune domestique et faune sauvage. Pourtant il est indispensable d’identifier les espèces en jeu au niveau de ces interfaces afin de mieux comprendre les contacts possibles. Ainsi, dans cette thèse nous proposons d’utiliser cette technique et mettant en place un protocole adapté de techniques déjà décrites. Une étude préliminaire est donc menée afin de faire le point sur les connaissances en forte évolution et d’adapter l’outil à l’étude et à ses spécificités. La mise à l’épreuve de différents kits d’extraction, de méthodes de traitement de l’échantillon de départ, et de différentes paires d’amorces ont pu permettre d’optimiser les méthodes en usant du matériel et des technologies disponibles. Nous avons pu mettre en place une méthode systématisée basée sur une concentration de l’ADN par filtration puis une extraction par un kit d’extraction commercial générique suivi d’une amplification par PCR quantitative à l’aide d’amorces spécifiques (Aves 02) et finalement d’un séquençage par méthode Sanger. Les séquences obtenues, confrontées à la base de données Genbank©, conduisent à l’identification des espèces présentes dans l’échantillon. Ce protocole de metabarcoding vise à terme la détection et la caractérisation d’espèces d’oiseaux sauvages évoluant en contact direct d’élevages avicoles par l’exploitation de prélèvements environnementaux. |
