| Autor: |
Bouri, Laurent, Lavenier, Dominique |
| Přispěvatelé: |
Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), France Génomique, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique, GenScale, Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1) |
| Jazyk: |
angličtina |
| Rok vydání: |
2017 |
| Předmět: |
|
| Zdroj: |
[Research Report] RR-9028, INRIA Rennes-Bretagne Atlantique; GenScale. 2017 |
| Popis: |
This report compares several read error correction software that use 3rd generation sequencing technology (long reads). The experimentations have been performed on several reference genomes and the results evaluated with QUAST. The long read error correctors that have been evaluated are: LSC-2, Proovread, Ectools, Lordec, Nanocorr, Nas, Jabba, Pacbiotoca, Lorma et MHAP. The first 8 software can merge long and short reads, while the last 3 software use only long reads.; Ce rapport compare plusieurs programmes de correction d'erreurs de lectures (reads)issus de la technologie de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été menées sur plusieurs génomes de référence. Les logiciels de correction d'erreurs évalués sont : LSC-2, Proovread, Ectools, Lordec, Nanocorr, Nas , Jabba, Pacbiotoca, Lorma et MHAP. Les 8 premiers mixent longues et courtes lectures tandis que les 3 derniers n'utilisent que des longues lectures. |
| Databáze: |
OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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