Analyse de données transcriptomiques: Modélisation floue de profils d'expression différentielle et analyse fonctionnelle
| Autor: | Benabderrahmane, Sidahmed, Devignes, Marie-Dominique, Smaïl-Tabbone, Malika, Poch, O., Napoli, Amedeo, Nguyen N.-H, N., Raffelsberger, W. |
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| Přispěvatelé: | Knowledge representation, reasonning (ORPAILLEUR), INRIA Lorraine, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Université Nancy 2-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IRIT-Toulouse, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Université Nancy 2-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)-Université Nancy 2-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I |
| Jazyk: | francouzština |
| Rok vydání: | 2009 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | Actes du XXVIIième congrès Informatique des Organisations et Systèmes d'information et de décision-INFORSID 2009 Actes du XXVIIième congrès Informatique des Organisations et Systèmes d'information et de décision-INFORSID 2009, IRIT-Toulouse, May 2009, Toulouse, France. pp.413-428 |
| Popis: | National audience; Les techniques de micro-réseaux d'ADN permettent de mesurer le niveau d'expression de plusieurs milliers de gènes dans diverses situations. Les niveaux d'expression mesurés pour chaque gène dans un certain nombre de situations conduisent à définir un profil d'expression pour ce gène. Classiquement une analyse fonctionnelle est ensuite appliquée aux gènes présentant les mêmes profils pour tenter de leur associer une ou des fonctions biologiques communes. Dans ce contexte il apparaît cependant que la définition des profils d'expression dépend de la nature des situations considérées. Nous proposons ici une nouvelle approche de modélisation floue de profils d'expression différentielle tenant compte l'existence de relations entre les situations étudiées. Cette approche est appliquée à un jeu de données expérimentales relatives au cancer colo-rectal. Les premiers résultats d'analyse fonctionnelle montrent que cette modélisation des profils d'expression permet de mettre en relation des fonctions biologiques et des comportements transcriptionnels particuliers. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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