Tn-phyto: essential genomes of nine bacterial phytopathogens
| Autor: | Baltenneck, Julie, Moussa, Ben, Couderc, Loïc, Flissi, Areski, Pédron, Jacques, Morris, Cindy E., Barny, Marie-Anne, Berge, Odile, Touzet, Hélène, Gueguen, Erwan, Condemine, Guy |
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| Přispěvatelé: | condemine, guy, Identification par Tn-seq de nouveaux déterminants génétiques de bactéries phytopathogènes, impliqués dans l'infection des plantes et la persistance dans l'environnement - - TNPHYTO2019 - ANR-19-CE35-0016 - AAPG2019 - VALID, Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateformes Lilloises en Biologie et Santé - UAR 2014 - US 41 (PLBS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-19-CE35-0016,TNPHYTO,Identification par Tn-seq de nouveaux déterminants génétiques de bactéries phytopathogènes, impliqués dans l'infection des plantes et la persistance dans l'environnement(2019) |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2022 |
| Předmět: |
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology
environment [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology environment Tn-seq [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology virulence factor [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy Phytopathogenic bacteria |
| Zdroj: | 4. International Ewinia workshop (IEW) 4. International Ewinia workshop (IEW), Jul 2022, Assise, Italy |
| Popis: | International audience; Studies on phytopathogenic bacteria have so far been performed on laboratory strains. The aim of our project is to identify virulence factors of phytopathogenic bacteria isolated from the environment as well as those allowing their survival in water. For this purpose, we use Tn-seq, an innovative mutagenesis technique coupled with high throughput sequencing chosen to rapidly identify, on a large panel of strains, genes necessary for growth in a given condition, the plant or water. This study is carried out on strains of Dickeya, Pectobacterium and Pseudomonas syringae, all of which are capable of growing on a wide range of hosts as well as in water, thus allowing the most complete identification of genes of interest. Another axis of this ANR is the development of a complete bioinformatics pipeline, allowing to process data obtained under multiple conditions and for strains of different species. The results obtained will help us to predict the virulence of strains and/or to develop antibacterial strategies. Overall, this project will pave the way for studies of other environmental pathogens by proposing an original conceptual and technological framework that is extremely promising |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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