GATB: Toolbox for developing efficient NGS software

Autor: Drezen, Erwan, Rizk, G, Chikhi, R, Deltel, Charles, Lemaitre, C, Peterlongo, P, Lavenier, D
Přispěvatelé: Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Dept. of Computer Science and Engineering, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, ANR-12-EMMA- 0019-01, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-12-EMMA-0019,GATB,Boite à outils ' Assemblage pour la Génomique '(2012)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2014
Předmět:
Zdroj: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014
9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil
Popis: International audience; The analysis of NGS data remains a time and space-consuming task. Many efforts have been made to provide efficient data structures for indexing the terabytes of data generated by the fast sequencing machines (Suffix Array, Burrows-Wheeler transform, Bloom Filter, etc.). Mapper tools, genome assemblers, SNP callers, etc., make an intensive use of these data structures to keep their memory footprint as lower as possible. The overall efficiency of NGS software is brought by a smart combination of how data are represented inside the computer memory and how they are processed through the available processing units inside a processor. Developing such software is thus a real challenge, as it requires a large spectrum of competences from high-level data structure and algorithm concepts to tiny details of implementation. The GATB software toolbox aims to lighten the design of NGS algorithms. It offers a panel of high-level optimized building blocks to speed-up the development of NGS tools related to genome assembly and/or genome analysis. The underlying data structure is the de Bruijn graph, and the general parallelism model is multithreading. The GATB library targets standard computing resources such as current multicore processor (laptop computer, small server) with a few GB of memory. From high-level C++ API, NGS programing designers can rapidly elaborate their own software based on state-of-the-art algorithms and data structures of the domain.
Databáze: OpenAIRE
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