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Le tournesol présente de nombreux atouts agroécologiques (résistance aux stress abiotiques, faible Indice de Fréquence de Traitement, bon précédent cultural, entretien de la biodiversité des pollinisateurs), mais ses surfaces et son rendement stagnent depuis près de 30 ans. Ces stagnations sont notamment dues à un cortège de bioagresseurs dont il est la cible. Dans un contexte d'objectif de réduction de l'utilisation des pesticides, les méthodes non chimiques de prophylaxie (ou préventives) doivent être valorisées face aux bioagresseurs. Or, il est difficile de prévoir l'effet du changement d'une ou plusieurs pratiques culturales sur l'ensemble de bioagresseurs. Les outils de modélisation sont des outils indispensables pour aborder cette question. Trois bioagresseurs ont été considérés lors de cette thèse : deux champignons phytopathogènes, le phomopsis (Diaporthe helianthi) et le phoma (Leptosphaeria lindquistii), en raison des connaissances et des jeux de données disponibles ; et une plante parasitant exclusivement le tournesol, l’orobanche (Orobanche cumana) en raison de l'importance agronomique des dommages qu'elle entraîne. Elle est récemment apparue en France et prolifère rapidement. Ces trois bioagresseurs peuvent avoir un haut niveau de nuisibilité. Le travail de thèse aborde trois questions. i) Comment gérer la production d’inoculum primaire de ces bioagresseurs ? ii) Comment synthétiser les savoirs disponibles sur les effets des pratiques agricoles et de la situation de production sur les cycles biologiques de ces bioagresseurs ? iii) Comment améliorer les méthodes de modélisation mobilisées ? Des synthèses des littératures scientifique et technique ont été réalisées. L’expertise de phytopathologistes, de malherbologues et d’agronomes a été élicitée et formalisée. Des méthodes algorithmiques originales ont été développées pour adapter deux modèles génériques à différents bioagresseurs. Le modèle dynamique générique SimMat a été mobilisé pour aborder la première question. Ce modèle prédit les effets de la pluviométrie et de la température sur la reproduction sexuée de champignons ascomycètes. Il a été adapté au phomopsis et au phoma du tournesol. La seconde question a été abordée à l'aide de l'approche IPSIM (Injury Profile SIMulator), qui permet de développer des modèles qualitatifs prédisant les effets du système de culture et de la situation de production sur les dégâts causés par un ou plusieurs bioagresseurs. Deux modèles qualitatifs ont été créés : un pour le phomopsis, un pour le phoma. Des modèles préliminaires ont été proposés pour le phoma et l’orobanche. L'ensemble de ces modèles a été adapté aux bioagresseurs grâce à des méthodes innovantes pour améliorer leurs qualités prédictives. En particulier, une méthode d'hybridation de l’expertise et des informations contenues dans les jeux de données a été proposée. La thèse a donc permis de développer un ensemble de modèles contribuant à la gestion des stress biotiques du tournesol, et des innovations méthodologiques génériques pour la modélisation. On dispose désormais d'outils opérationnels pour contribuer à la mise en place de stratégies de protection agroécologique du tournesol. |
