Challenges to the effectiveness of next-generation sequencing in formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples for non-small cell lung cancer.

Autor: da Silveira Corrêa B; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Avenida Bento Gonçalves 9500, Agronomia, Porto Alegre 91501-970, Rio Grande do Sul, Brazil; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil. Electronic address: bruno.correa@ufcspa.edu.br., De-Paris F; Serviço de Diagnóstico Laboratorial, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Medicina Personalizada, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil., Viola GD; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Avenida Bento Gonçalves 9500, Agronomia, Porto Alegre 91501-970, Rio Grande do Sul, Brazil; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil., Andreis TF; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Avenida Bento Gonçalves 9500, Agronomia, Porto Alegre 91501-970, Rio Grande do Sul, Brazil; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil., Rosset C; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Unidade de Pesquisa Laboratorial, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas: Medicina (PPGCM), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil., Vianna FSL; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Avenida Bento Gonçalves 9500, Agronomia, Porto Alegre 91501-970, Rio Grande do Sul, Brazil; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Medicina Personalizada, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Laboratório de Imunobiologia e Imunogenética, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Avenida Bento Gonçalves 9500, Agronomia, Porto Alegre 91501-970, Rio Grande do Sul, Brazil., da Rosa Rivero LF; Serviço de Patologia Cirúrgica - Hospital de Clínicas de Porto Alegre - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil., de Oliveira FH; Serviço de Patologia Cirúrgica - Hospital de Clínicas de Porto Alegre - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil., Ashton-Prolla P; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Avenida Bento Gonçalves 9500, Agronomia, Porto Alegre 91501-970, Rio Grande do Sul, Brazil; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Serviço de Genética Médica, Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas: Medicina (PPGCM), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil., de Souza Macedo G; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Serviço de Diagnóstico Laboratorial, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Medicina Personalizada, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Rua Ramiro Barcelos 2350, Santa Cecília, Porto Alegre 90035-903, Rio Grande do Sul, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Annals of diagnostic pathology [Ann Diagn Pathol] 2024 Apr; Vol. 69, pp. 152249. Date of Electronic Publication: 2023 Dec 21.
DOI: 10.1016/j.anndiagpath.2023.152249
Abstrakt: Introduction: Next-generation sequencing (NGS) of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) specimens is routine in precision oncology practice. However, results are not always conclusive, and it is important to identify which factors may influence FFPE tumor sequencing success.
Materials and Methods: Here, we evaluated the influence of pre-analytical factors on 705 samples of non-small cell lung cancer specimens that underwent NGS testing. Factors such as tumor site, tumor cell percentage, fragment size, primary tumor or metastasis, presence of necrosis, DNA purity, DNA concentration, sample origin and year of testing.
Results: The overall NGS success rate was 84.9 % (n = 599). Bone site specimens had a very low success rate (42.1 %), differing from lung samples (79.8 %) (P < 0.05). Samples with tumor percentages <5 % (success rate of 44.4 %) represented 14.1 % of failed sequencings. Moreover, samples with tumor percentages >10 %-20 % (82 %) did not differ from those with >30 % (88.9 %) on sequencing outcomes (P = 0.086). Specimens that provided DNA concentrations >2.0 ng/uL, 1.0-2.0 ng/uL, 0.5-1.0 ng/uL and <0.5 ng/uL had success rates of 92 %, 77.1 %, 61.3 % and 20.4 %, respectively. Small fragments (≤0.2 cm 2 ) had a success rate of 74.7 % and were more prevalent in the unsuccessful group (P < 0.05).
Conclusions: Our results suggest that tumor percentage, fragment size, decalcified bone specimens, and DNA concentration are potential modifiers of NGS success rates. Interestingly, specimens with tumor percentages between 10 % and 20 % have the same sequencing outcome than specimens with >30 %. These results can strengthen the understanding of factors that lead to NGS success variability.
Competing Interests: Declaration of competing interest All processing and sequencing presented here was performed by the Precision Medicine Program of Hospital de Clínicas de Porto Alegre, a diagnostic program that provides clinical services to AstraZeneca Brazil, Bristol-Myers Squibb, and Pfizer. Although the diagnostic tests were paid by these companies, none of them participated in or interfered with the design of the study, result analyses, and conclusions. Patricia Ashton-Prolla - Research Funding: AstraZeneca Brazil (Inst).
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Databáze: MEDLINE
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