Integration of Phenotype Term Prioritization and Gene Expression Analysis Reveals a Novel Variant in the PERP Gene Associated with Autosomal Recessive Erythrokeratoderma.

Autor:	González-Quintana A; Servicio Bioquímica Clínica/Análisis Clínicos, Hospital 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain.; Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), 28029 Madrid, Spain.; Grupo de Enfermedades Mitocondriales y Neurometabólicas, Instituto de Investigación Hospital 12 de Octubre (imas12), 28041 Madrid, Spain., Garrido-Moraga R; Grupo de Enfermedades Mitocondriales y Neurometabólicas, Instituto de Investigación Hospital 12 de Octubre (imas12), 28041 Madrid, Spain., Palencia-Pérez SI; Departamento de Dermatología, Hospital Universitario 12 de Octubre y Universidad Complutense de Madrid, 28041 Madrid, Spain., Hernández-Martín Á; Departamento de Dermatología, Hospital Infantil Universitario Niño Jesús, 28009 Madrid, Spain., Sánchez-Munárriz J; Servicio Bioquímica Clínica/Análisis Clínicos, Hospital 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain., Lezana-Rosales JM; Servicio de Genética, Hospital Universitario 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain.; UDisGen (Unidad de Dismorfología y Genética), Hospital 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain., Quesada-Espinosa JF; Servicio de Genética, Hospital Universitario 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain.; UDisGen (Unidad de Dismorfología y Genética), Hospital 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain., Martín MA; Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), 28029 Madrid, Spain.; Grupo de Enfermedades Mitocondriales y Neurometabólicas, Instituto de Investigación Hospital 12 de Octubre (imas12), 28041 Madrid, Spain.; Servicio de Genética, Hospital Universitario 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain.; UDisGen (Unidad de Dismorfología y Genética), Hospital 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain., Arteche-López A; Servicio de Genética, Hospital Universitario 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain.; UDisGen (Unidad de Dismorfología y Genética), Hospital 12 de Octubre, 28041 Madrid, Spain.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Genes [Genes (Basel)] 2023 Jul 22; Vol. 14 (7). Date of Electronic Publication: 2023 Jul 22.
DOI:	10.3390/genes14071494
Abstrakt:	Hereditary palmoplantar keratodermas (PPKs) are a clinically and genetically heterogeneous group of disorders characterized by excessive epidermal thickening of palms and soles. Several genes have been associated with PPK including PERP , a gene encoding a crucial component of desmosomes that has been associated with dominant and recessive keratoderma. We report a patient with recessive erythrokeratoderma (EK) in which whole exome sequencing (WES) prioritized by human phenotype ontology (HPO) terms revealed the presence of the novel variant c.153C > A in the N-terminal region the PERP gene. This variant is predicted to have a nonsense effect, p.(Cys51Ter), resulting in a premature stop codon. We demonstrated a marked reduction in gene expression in cultured skin fibroblasts obtained from the patient. Despite the PERP gene is expressed at low levels in fibroblasts, our finding supports a loss-of-function (LoF) mechanism for the identified variant, as previously suggested in recessive EK. Our study underscores the importance of integrating HPO analysis when using WES for molecular genetic diagnosis in a clinical setting, as it facilitates continuous updates regarding gene-clinical feature associations.
Databáze:	MEDLINE
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