Monkeypox virus genome sequence from an imported human case in Colombia.

Autor:	Laiton-Donato K; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. klaiton@ins.gov.co., Álvarez-Díaz DA; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Franco-Muñoz C; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Ruiz-Moreno HA; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Rojas-Estévez P; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Prada A; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Rosales A; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Ospina ML; Dirección General, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co., Mercado-Reyes M; Grupo Genómica de Microorganismos Emergentes, Dirección de Investigación en Salud Pública, Instituto Nacional de Salud, Bogotá, D.C., Colombia. biomedica@ins.gov.co.
Jazyk:	English; Spanish; Castilian
Zdroj:	Biomedica : revista del Instituto Nacional de Salud [Biomedica] 2022 Sep 02; Vol. 42 (3), pp. 541-545. Date of Electronic Publication: 2022 Sep 02.
DOI:	10.7705/biomedica.6647
Abstrakt:	Introduction: Monkeypox virus (MPXV) is an enveloped double-stranded DNA virus with a genome of approximately 197.209 bp. The current classification divides MPXV into three clades: Clade I (Central African or Congo Basin clade) and clades IIa and IIb (West African clades). Objective: To report the complete genome and phylogenetic analysis of a human monkeypox case detected in Colombia. Materials and Methods: Exudate from vesicular lesions was obtained from a male patient with recent travel history to Spain. A direct genomic approach was implemented in which total DNA from the sample was purified through a column-based method, followed by sequencing on the Nanopore GridION. Reads were aligned against the MPXV reference genome using minimap2 v.2.24 and phylogenetic inference was performed using maximum likelihood estimation. Results: A total of 11.951 reads mapped directly to a reference genome with 96.8% of coverage (190.898 bp). Conclusion: Phylogenetic analysis of the MPXV circulating in Colombia demonstrated its close relationship to clade IIb responsible for the multi-country outbreak in 2022.
Databáze:	MEDLINE
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