Detection of non-tuberculosus mycobacteria (NTMs) in lung samples using 16S rRNA.

Autor:	Morais FCL; Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil., Bello GL; Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Tuberculose, Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia, Porto Alegre, RS, Brasil., Costi C; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, RS, Brasil.; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Porto Alegre, RS, Brasil., Schmid KB; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, RS, Brasil.; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Porto Alegre, RS, Brasil., Soares TDS; Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil.; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, RS, Brasil., Barcellos RB; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, RS, Brasil.; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Programa de Pós-Graduação em Clínica Médica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Unis G; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul, Hospital Sanatório Partenon, Porto Alegre, RS, Brasil., Dias CF; Secretaria da Saúde do Rio Grande do Sul, Hospital Sanatório Partenon, Porto Alegre, RS, Brasil., da Silva PEA; Universidade Federal do Rio Grande, Faculdade de Medicina, Centro de Pesquisas em Microbiologia Médica, Rio Grande, RS, Brasil., Rossetti ML; Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil.; Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Tuberculose, Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia, Porto Alegre, RS, Brasil.; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Porto Alegre, RS, Brasil.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Memorias do Instituto Oswaldo Cruz [Mem Inst Oswaldo Cruz] 2022 Jul 29; Vol. 117, pp. e220031. Date of Electronic Publication: 2022 Jul 29 (Print Publication: 2022).
DOI:	10.1590/0074-02760220031
Abstrakt:	Background: Non-tuberculous mycobacteria (NTMs) cause diseases known as mycobacteriosis and are an important cause of morbidity and mortality. The diagnosis of pulmonary disease caused by NTM is hampered by its clinical similarity with tuberculosis (TB) and by the lack of an accurate and rapid laboratory diagnosis. Objectives: Detect DNA from NTMs directly from lung samples using real-time polymerase chain reaction (qPCR) for amplification of 16S rRNA. Additionally, DNA sequencing (hsp65 and rpoB genes) was used to identify the species of MNTs. Methods: A total of 68 sputum samples (54 with suspected NTMs and 14 with TB) from patients treated at a referral hospital were used. Findings: Of these, 27/54 (50%) were qPCR positive for NTMs and 14/14 TB patients (controls) were qPCR negative with an almost perfect concordance (Kappa of 0.93) with the Mycobacterium spp. culture. Sequencing confirmed the presence of NTM in all positive samples. The most common species was Mycobacterium gordonae (33%), followed by Mycobacterium abscessus (26%), Mycobacterium fortuitum (22%), Mycobacterium avium (15%) and Mycobacterium peregrinum (4%). Main Conclusions: The qPCR technique for detecting NTMs targeting 16S rRNA has the potential to detect NTMs and rapidly differentiate from Mycobacterium tuberculosis. However, it is necessary to identify the species to help in the differential diagnosis between disease and contamination, and to guide the choice of the therapeutic scheme.
Databáze:	MEDLINE
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