Genome Sequencing for Genetics Diagnosis of Patients With Intellectual Disability: The DEFIDIAG Study.

Autor:	Binquet C; Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France.; CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France., Lejeune C; Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France.; CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France.; Inserm, Université de Bourgogne-Franche-Comté, UMR 1231, EPICAD, Dijon, France., Faivre L; CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France.; Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, équipe GAD, Dijon, France.; Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Anomalies Du Développement CLAD Est, CHU de Dijon, ERN ITHACA, Dijon, France., Bouctot M; Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France., Asensio ML; Inserm, CHU Dijon-Bourgogne, CIC1432-Epidémiologie Clinique, Dijon, France., Simon A; Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France., Deleuze JF; Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France., Boland A; Université Paris-Saclay, CEA, Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Evry, France., Guillemin F; CIC1433-Epidémiologie Clinique, Inserm, Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Nancy, Université de Lorraine, Nancy, France., Seror V; Aix Marseille Université, IRD, APHM, SSA, VITROME, IHU-Méditerranée Infection, Marseille, France., Delmas C; Inserm, Pôle de Recherche Clinique, Paris, France., Espérou H; Inserm, Pôle de Recherche Clinique, Paris, France., Duffourd Y; CHU Dijon-Bourgogne, Fédération Hospitalo-Universitaire Médecine Translationnelle et Anomalies Du Développement (TRANSLAD), Dijon, France.; Inserm, Université Bourgogne-Franche-Comté, UMR1231, équipe GAD, Dijon, France., Lyonnet S; Université de Paris, INSERM, IHU Imagine-Institut des maladies génétiques, Paris, France.; Fédération de Génétique et Médecine Génomique, GHU APHP.centre-Université de Paris, Hôpital Necker-Enfants Malades, Paris, France., Odent S; Service de Génétique Clinique, Centre de Référence Anomalies Du Développement CLAD- Ouest, Université de Rennes, CNRS, IGDR (Institut de Génétique et Développement de Rennes), ERN ITHACA, Rennes, France., Heron D; Unité Fonctionnelle de Génétique Médicale et Centre de Référence « Déficiences Intellectuelles de Causes Rares », APHP Sorbonne Université, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière et Hôpital Trousseau, Paris, France., Sanlaville D; Hospices Civils de Lyon, GHE, Service de Génétique, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France., Frebourg T; CHU de Rouen, Service de Génétique, Rouen, France.; Inserm, Université de Normandie, UMR1245, Centre de Génomique et de Médecine Personnalisée, Rouen, France., Gerard B; Laboratoires de Diagnostic Génétique, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France., Dollfus H; Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France.; Inserm UMRS_1112, Institut de Génétique Médicale D'Alsace, Université de Strasbourg, France et CHRU, Strasbourg, France.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Frontiers in genetics [Front Genet] 2022 Feb 01; Vol. 12, pp. 766964. Date of Electronic Publication: 2022 Feb 01 (Print Publication: 2021).
DOI:	10.3389/fgene.2021.766964
Abstrakt:	Introduction: Intellectual Disability (ID) is the most common cause of referral to pediatric genetic centers, as it affects around 1-3% of the general population and is characterized by a wide genetic heterogeneity. The Genome Sequencing (GS) approach is expected to achieve a higher diagnostic yield than exome sequencing given its wider and more homogenous coverage, and, since theoretically, it can more accurately detect variations in regions traditionally not well captured and identify structural variants, or intergenic/deep intronic putatively pathological events. The decreasing cost of sequencing, the progress in data-management and bioinformatics, prompted us to assess GS efficiency as the first line procedure to identify the molecular diagnosis in patients without obvious ID etiology. This work is being carried out in the framework of the national French initiative for genomic medicine (Plan France Médecine Génomique 2025). Methods and Analysis: This multidisciplinary, prospective diagnostic study will compare the diagnostic yield of GS trio analysis (index case, father, mother) with the French core minimal reference strategy (Fragile-X testing, chromosomal microarray analysis and Gene Panel Strategy of 44 selected ID genes). Both strategies are applied in a blinded fashion, in parallel, in the same population of 1275 ID index cases with no obvious diagnosis (50% not previously investigated). Among them, a subgroup of 196 patients are randomized to undergo GS proband analysis in addition to GS trio analysis plus the French core minimal reference strategy, in order to compare their efficiency. The study also aims to identify the most appropriate strategy according to the clinical presentation of the patients, to evaluate the impact of deployment of GS on the families' diagnostic odyssey and the modification of their care, and to identify the advantages/difficulties for the patients and their families. Ethics Statement: The protocol was approved by the Ethics Committee Sud Méditerranée I and the French data privacy commission (CNIL, authorization 919361). Trial Registration: ClinicalTrials.gov identifier NCT04154891 (07/11/2019). Competing Interests: The authors declare that the research was conducted in the absence of any commercial or financial relationships that could be construed as a potential conflict of interest. (Copyright © 2022 Binquet, Lejeune, Faivre, Bouctot, Asensio, Simon, Deleuze, Boland, Guillemin, Seror, Delmas, Espérou, Duffourd, Lyonnet, Odent, Heron, Sanlaville, Frebourg, Gerard and Dollfus.)
Databáze:	MEDLINE
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